Ataxie mit okulomotorischer Apraxie Typ 2: Charakterisierung des ...

Materialien 11
Tabelle 4 c: Primersequenzen für PCR und Sequenzierung des SETX-Gens (Exon 22 bis 26)
Exon
Produktlänge
[bp]
Primerbezeichnung Primersequenz
22 318 bp SETX1_E22-F 5’ gcccacatcaccacacagaa 3’
SETX1_E22-R 5’ gtgaacatgactgtgccctg 3’
23 379 bp SETX1_E23-F 5’ cctatctgcctgccctttac 3’
SETX1_E23-R 5’ gcacagaccactccttaagag 3’
24 313 bp SETX1_E24-F 5’ cgacagagtgagactccgt 3’
SETX1_E24-R 5’ gcaaatggtgttctctaacagtg 3’
25 329 bp SETX1_E25-F 5’ gtccacctttgtctcacatgg 3’
SETX1_E25-R 5’ aggcgaatggttcacgtgtac 3’
26 957 bp SETX1_E26-F 5’ ctatgcttcccaagcagtgtc 3’
SETX1_E26-R 5’ gag gctcaggtgttaaggatg 3’
Tabelle 5: Zusätzliche Primersequenzen für die Sequenzierung von großen PCR-Produkten
Exon Primer Primersequenz
10-1 SETX1_E10BF 5’ gacatgcgtgttcataacagca 3’
10-1 SETX1_E10AR 5’ agatccatgagggactggac 3’
10-2 SETX1_E10DF 5’ caaagcacctccatgtaacact 3’
10-2 SETX1_E10CR 5’ ctagacgtcttccccatttgt 3’
10-3 SETX1_E10ER 5’ catccagaacaccactagggt 3’
10-3 SETX1_E10FF 5’ gatacaggagttcagaaaggagat 3’
10-4 SETX1_E10HF 5’ tggcaagatcatccagacgat 3’
10-4 SETX1_E10GR 5’ gtacaaccctgaccatttgtag 3’
10-5 SETX1_E10IR 5’ ttgggtctgatctgcctttgc 3’
10-5 SETX1_E610JF 5’ ctcctcagaacctgtctgtca 3’
10-6 SETX1_E10LF 5’ attctgtaagtcggcctcagt 3’
10-6 SETX1_E10KR 5’ gctgctttcacttcagagtgt 3’
13 SETX1_Ex13-R 5’ ctctcagatgttgtagtca 3’
18 SETX1_Ex18-R 5’ gctacaggtgaactacttacc 3’
26 SETX-ex26c-r1 5’ gtcagagggtgtgtggtatag 3’
26 SETX-ex26c-f2 5’ gtgatgacccggaagaggag 3’
Tabelle 6: Primersequenzen für die RT-PCR
Patient Mutation Primersequenz Position
P7 c.6847_6850delACAG
5’- gcccattctacagctcactg -3’ Exon 21
5’- gctgaaatggccaatctgatg -3’ Exon 22
P8 c.5401_5402ins1280bp
5’- cacaagaatggctcaactctc -3’ Exon 11
5’- actacccaacagagacatggc -3’ Exon 13
P9
c.5374+9369_5950- 5’- cacaagaatggctcaactctc -3’ Exon 11
254del6107bp 5’- ggctgtccaaactgaactttag -3’ Exon 16
P10 und c.5274+13396_6107- 5’- gtctgtctctgacaccttcg -3’ Exon 10
P11 3547del20729bp 5’- ggctgtccaaactgaactttag -3’ Exon 16