Ataxie mit okulomotorischer Apraxie Typ 2: Charakterisierung des ...

Diskussion 56
~20,7 kb-Deletion
Die 5’-Bruchstelle der ~20,7 kb-Deletion zwischen Intron 10 und Intron 15 des SETX-
Gens liegt in einem L1-Element (L1MB7), während die 3’-Bruchstelle in einem AluJr-
Element lokalisiert ist (Tabelle 12, S. 55). Das L1MB7-Element und das AluJr-Element
weisen keinerlei Homologie zueinander auf (Abb. 8 b, S. 33). Allerdings enthält das AluJr-
Element ebenfalls bis auf einen Basenaustausch die 26 bp Kernsequenz (5’-
CCTGTAATC-CCAGCACTTCGG-GAGGC-3’) und der 3’-Bruchpunkt liegt genau in
dieser Sequenz. Es wird daher davon ausgegangen, dass die ~20,7 kb-Deletion durch eine
nicht-homologe Rekombination entstanden ist und diese durch das AluJr-Element
begünstigt wurde.
Die ~20,7 kb-Deletion bedingt auf mRNA-Ebene eine Spleißvariante. Die RT-PCR mit
Primern aus Exon 10 und Exon 16 führte bei Patient P10 neben dem Wildtyp-Transkript zu
einem veränderten Transkript, dem die Exons 11 bis 15 fehlen. Die Deletion der Exons 11
bis 15 hat einen Leserasterverschub zur Folge und führt, wenn das Transkript nicht dem
NMD unterliegt, auf Protein-Ebene zu einem verkürzten Protein, dem die gesamte
Helikasedomäne fehlt (c.5274+13396_6107-3547del20729bp, p.V1759EfsX6).
~26,8 kb-Deletion
Die 5’-Bruchstelle der ~26,8 kb-Deletion liegt in Intron 17 des SETX-Gens und ist in
einem LTR-Element (MLT1K) lokalisiert. Die 3’-Bruchstelle befindet sich zwischen dem
SETX-Gen und dem NTNG2-Gen innerhalb eines AluSx1-Elements (Tabelle 12, S. 55). In
diesem Fall ist ebenfalls keinerlei Homologie zwischen den beiden transponierbaren
Elementen zu beobachten (Abb. 8 c, S. 33). Allerdings führt das Rekombinationsereignis
hier neben der Deletion zu der Insertion des Dinukleotids AG
(AL159997.14:g.48148_74944del26797bpinsAG). Das AluSx1-Element enthält auch hier
die rekombinogene 26bp Kernsequenz (5’-CCTGTAATC-CCAGCACTTTGG-GAGGC-
3’). In diesem Fall liegt die 3’-Bruchstelle zwar in dem AluSx1-Element, jedoch nicht
innerhalb der Kernsequenz. Dennoch wird vermutet, dass auch diese Deletion durch eine
nicht-homologe Rekombination entstanden ist, die durch die Kernsequenz stimuliert
wurde.
Der Effekt dieser Mutation auf mRNA-Ebene konnte im Rahmen dieser Arbeit nicht
geklärt werden, da keine RNA-Probe des Patienten zur Verfügung stand.