Synthèse de composés organométalliques et évaluation de leurs activités biologiques....

Cancers végétal et animal
Pour ce travail on a extrait la liste des gènes impliqués dans le cancer du sein à partir d’une
étude récente intitulée « The Consensus Coding Sequences of Human Breast and Colorectal
Cancers » publiée dans la revue science en 2006 (Tobias, S. et al., 2006). Les gènes impliqués
dans le cancer gastrique sont obtenus à partir de diverses publications sur le sujet.
3.4.2.1. Définitions
� Alignement : processus par le quel deux séquences sont comparées afin d’obtenir le plus
de correspondances (identités ou substitutions conservatives) possibles entre les lettres qui
les composent.
� Domaine : portion de protéine supposée avoir un repliement propre, indépendant du reste
de la protéine, et posséder une fonction spécifique.
� Evalue : (Expect value) : Nombre d’alignement différents ayant un score égal ou supérieur
à « S » que l’on peut espérer trouver par hasard dans les banques. Plus la Evalue est basse,
plus le score est significatif (BLAST).
� Homologie : on dit de deux gènes qu’ils sont homologues lorsqu’ils dérivent d’un gène
ancestral commun.
� Score « S » : mesure de la similitude entre la séquence de départ et celle homologue
déduite de la base de donné.
3.4.2.2. Récupération des séquences protéiques
Nous avons utilisé le système d’interrogation Entrez disponible au NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez) pour rechercher les gènes par leur nom. Ceci nous
renvoie à la banque GENE du NCBI dans la quelle sont rassemblés les informations
concernant chaque gènes (séquence, fonction, variations, …).
L’interrogation de la banque de données GenPept du NCBI fournit plusieurs protéines qui
découlent des gènes de départ. Nous avons retenu celles humaines [Homo Sapiens] et nous
avons récupéré ces séquences protéiques au format FASTA.
U.P.M.C./U.S. 136
2010