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Figure 64 : Exemple <strong>de</strong> séquence FASTA du gène KLF6<br />
3.4.2.3. Recherche <strong>de</strong>s séquences homologues<br />
Cancers végétal <strong>et</strong> animal<br />
La recherche <strong>de</strong>s séquences homologues à nos protéines <strong>de</strong> départ a été faite par le<br />
programme BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) du NCBI<br />
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Blast/) (Altschul, S. F. <strong>et</strong> al., 1990). Les programmes BLAST<br />
effectuent une recherche rapi<strong>de</strong> dans les banques <strong>de</strong> séquences nucléiques <strong>et</strong> protéiques<br />
combinée avec une estimation rigoureuse <strong>de</strong>s statistiques pour apprécier la signification <strong>de</strong>s<br />
similitu<strong>de</strong>s par <strong>de</strong>s alignements.<br />
Il ya 5 programmes BLAST selon le type <strong>de</strong> comparaison souhaité (Tableau 3) <strong>et</strong> on a utilisé<br />
blastp qui compare une séquence <strong>de</strong> protéine contre une base <strong>de</strong> données <strong>de</strong> séquences <strong>de</strong><br />
protéines, afin <strong>de</strong> récupérer les séquences homologues.<br />
Tableau 20 : Les différents programmes BLAST<br />
Programme Nature <strong>de</strong>s séquences Niveau <strong>de</strong> comparaison<br />
BLASTP Protéine Protéine<br />
BLASTN Nucléoti<strong>de</strong> Nucléoti<strong>de</strong><br />
BLASTX Nucléoti<strong>de</strong> (traduit) Protéine<br />
TBLASTN Protéine Nucléoti<strong>de</strong> (traduit)<br />
TBLASTX Nucléoti<strong>de</strong> (traduit) Nucléoti<strong>de</strong> (traduit)<br />
U.P.M.C./U.S. 137<br />
2010
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