Rôle de l'herpèsvirus humain de type 6 dans le ... - Epublications

II.2. Génome
Le génome d’HHV-6 est composé d'une molécule d'ADN bicaténaire linéaire de 162
kb pour le type B et 160 kb pour le type A. Les génomes de la souche U1102 de l’HHV-6A et
des souches Z29 et HST de l’HHV-6B ont été entièrement séquencés (Dominguez et al.,
1999 ; Gompels et al., 1995 ; Isegawa et al., 1999).
L'architecture génomique de l'HHV-6 est également trouvée chez l'HHV-7 mais aussi
chez le virus du poisson chat (Chanel catfish virus). Elle consiste en une région unique (U1 à
U100) de 143 (variant A) à 145 kb (variant B), flanquée de régions terminales répétées et
orientées dans le même sens, nommées DRL et DRR pour Direct Repeats Left et Direct
Repeats Right (figure 2). La longueur des DR peut varier de 8 à 9 kb en fonction du nombre
de passages du virus in vitro. Bien que leur rôle soit peu connu, les DRs semblent intervenir
dans :
- la circularisation du génome viral au cours de la réplication, la présence de séquences
identiques et répétées à chaque extrémité du génome facilitant un tel processus.
- le clivage et l’empaquetage de l’ADN, grâce à la présence de séquence nommées pac-
1 et pac-2 permettant cet évènement (Gompels et Macaulay, 1995 ; Torelli et al.,
1995).
- l’intégration potentielle du génome viral, grâce à la présence de réitérations de
l’hexanucléotide GGGTTA, qui est une séquence télomérique humaine caractéristique
(Thompson et al., 1994 ; Daibata et al., 1999).
La région unique comporte les 7 blocs de gènes conservés au sein des Herpesviridae
(notés I à VII) codant principalement pour les composants de la structure du virion et les
enzymes nécessaires au métabolisme nucléotidique et à la réplication de l’ADN, un bloc
caractéristique des -herpesvirinae (U2 à U19) dont la plupart des gènes appartient à la
famille des gènes US22 du HCMV, tels que U2, U3, U14 et U16. Trois régions intermédiaires
répétées désignées R1, R2 et R3 sont situées à l’extrémité droite du segment U. R1 est
composée de réitérations qui codent un domaine SR, R2 est une répétition du dinucléotide TG
et R3 est une répétition de 110 pb contenant des sites Kpn en tandem.
Les régions du génome présentant des variations d’homologie significatives entre les
variants sont les DRs et une région de 24 kb située à droite du gène U86 (U86 à U100) où
72% d’homologie sont retrouvés, à l’exception du gène U94, qui est homologue au gène rep
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