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injectées à des souris immunodéprimées, alors que des cellules produisant la protéine DR7 tronquée ne le sont pas. Par ailleurs, la séquence de DR7 a été détectée dans des tissus cancéreux, notamment des ganglions lymphatiques issus de lymphomes hodgkiniens et non-hodgkiniens (Kashanchi et al., 1997). Le fragment SalI-L étudié alors par Kashanchi et al. (1997), est issu de la souche U1102 du variant A de l’HHV-6, et l’ORF-1 décrit est prédit comme contenant 357 acides aminés (aa). Gompels et al., (1995), ont effectué en 1995 le séquençage complet de la souche U1102 et prédisent le gène DR7 comme correspondant à une protéine de 363 aa. L’analyse de la séquence du génome de la souche Z29 du variant B a permis de prédire l’existence d’un ORF nommé alors DR6 et comprenant deux exons nommés DR6EX1 et DR6EX2. La comparaison de séquence a montré que les exons DR6EX1 et DR6EX2 présentent respectivement 89,1% et 88,8% d’homologie avec les gènes DR6 et DR7 de la souche U1102 du variant A (Dominguez et al., 1999). Ceci suggère une divergence certaine inter-variants entre les ORFs considérés, ou bien la possibilité d’une erreur de prédiction lors du séquençage de la souche U1102 (figure 22). Schleiman et al (2009) ont montré que le produit du gène DR6 du variant B est une protéine précoce, à localisation nucléaire, et formant un complexe avec le facteur de processivité p41 de l’ADN polymérase virale. La souche HST a été séquencée par l’équipe du professeur Yamanishi (Isegawa et al., 1999), et la comparaison des séquences des ORFs avec ceux de la souche U1102 montre notamment une différence au niveau du gène DR7, avec quatre autres gènes (DR2, U86/90, U89/90 et U95). Contrairement au reste du génome, ces gènes présentent moins de 70% d’homologie entre les deux variants. De plus, la prédiction d’ORF sur la séquence de la souche HST, contrairement à la séquence de la souche Z29, permet de déterminer deux gènes distincts au niveau de DR6 et DR7, correspondant respectivement aux premier et deuxième exons du gène DR6 prédit sur la séquence de Z29 (DR6EX1 et DR6EX2). La séquence du gène DR6 de HST présente 84,5% d’homologie avec celle de U1102, alors que la séquence correspondant au gène DR7 ne présente que 42,2% d’homologie. Cela est du à la présence de deux délétions et une insertion dans la séquence du gène DR7 de la souche HST, induisant un décalage précoce du cadre de lecture. Ces mutations ne sont cependant pas détectées au sein de la souche HST cultivée au sein du laboratoire de microbiologie de la faculté de pharmacie de Limoges. La 124
protéine DR7 issue de cette souche est ainsi relativement proche de celle correspondant à l’ORF- 1 décrit par Kashanchi et aux protéines DR7 décrites par Gompels (variant A) et Dominguez (variant B souche Z29), puisque le décalage du cadre de lecture n’est pas retrouvé. Une divergence de séquence au sein de différentes souches du variant B de l’HHV-6 est cependant constatée. Chou et Marousek (1994) ont suggéré une possible ségrégation des différents isolats issus du variant B de l’HHV-6, principalement basée sur une divergence de séquence des régions très précoces (gènes IE et particulièrement l’ORF U89) du génome. L’analyse de cet ORF permettrait alors de classer les souches Z29 et HST dans deux groupes différents (Isegawa et al., 1999). Génome de l’HHV-6 variant A : souche U1102 Génome de l’HHV-6 variant B DR6 (souche Z29) DR6 (souche HST) V DR7 (souche HST) 5025 5336 Figure 22 : Alignements des séquences des gènes DR6 et DR7 issus des souches U1102 (variant A), Z29 et HST (variants B) de l’HHV-6. 6512 7150 125
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