Κεφάλαιο 1 - Nemertes

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 6 ο
Για τη δηµιουργία του κώδικα Μοριακής ∆υναµικής, χρησιµοποιήθηκε εκτενώς το
περιβάλλον προγραµµατισµού (IDE) Eclipse, το οποίο ακολουθεί το µοντέλο ανοικτού
κώδικα (Open Source) και διατίθεται από το Eclipse Foundation. Θεωρείται πλέον ένα από
τα καλύτερα περιβάλλοντα προγραµµατισµού για Java και µπορεί µε τη χρήση plug-ins να
χρησιµοποιηθεί και για άλλες γλώσσες. Τέλος συµπεριλαµβάνει το περιβάλλον σχεδιασµού
διεπαφής χρήστη (GUI designer) Visual Editor, το οποίο διευκόλυνε αρκετά την αρχική
ανάπτυξη της διεπαφής.
Όσον αφορά την απόθήκευση του κώδικα χρησιµοποιήθηκε το λογισµικό ελέγχου και
διαχείρισης κώδικα (Source Control Management) CVS, κοινά απόδεκτό ως το standard
σύστηµα για την ασφαλή απόθήκευση του κώδικα. Με το σύστηµα αυτό µπορούν να γίνουν
αλλαγές στον κώδικα και να απόθηκεύονται χωριστά. Έτσι οι αλλαγές έχουν µηδενικό
κόστος, αφού ανά πάσα στιγµή µπορεί κάποιος να δει ένα αρχείο κώδικα σε όλες του τις
µορφές και να το ανακτήσει. Για την διανοµή του λογισµικού χρησιµοποιήθηκε ένα plug-in
για το Eclipse, το “FatJar”, που επιτρέπει τη διανοµή ολόκληρου του προγράµµατος, µαζί µε
τις απαραίτητες υποστηρικτικές βιβλιοθήκες, σε ένα µόνο αρχείο µορφής JAR, το οποίο
µπορεί να τρέξει χωρίς επιπλέον εγκατάσταση.
6.3 Αλγόριθµος Μοριακής ∆υναµικής
Η τυπική δοµή ενός αλγορίθµου µοριακής δυναµικής και τα επιµέρους στάδιά του
παρουσιάζονται στο Σχήµα 6.1. Κάποιες γενικές αρχές που αφορούν τον σχεδιασµό του
αλγορίθµου Μοριακής ∆υναµικής παρατίθενται παρακάτω.
• Όσον άφορα στις θέσεις των σωµατίδιων, σε πρώτο στάδιο απεικονίσεις µπορούν
να ληφθούν είτε από προσοµοιώσεις Monte Carlo, που χρησιµοποιούνται για τη
χαλάρωση των δοµών, είτε από απεικονίσεις ελάχιστης ενέργειας, που
λαµβάνονται µε χρήση της τεχνικής της Μοριακής ∆υναµικής. Αρχικές τιµές για
τις ταχύτητες λαµβάνονται από µια κατανοµή ταχυτήτων Maxwell-Boltzmann.
Βεβαίως είναι δυνατό µια προσοµοίωση να ξεκινήσει λαµβάνοντας τις αρχικές
θέσεις και τις ταχύτητες από µια προηγουµένη προσοµοίωση Μ∆.
203