You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
ΑΝΑΣΚΟΠΗΣΗ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΗΣ ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑΣ<br />
ότι οι απεικονίσεις που χρησιµοποιούνται για τον υπολογισµό µέσων όρων είναι<br />
κατανεµηµένες σύµφωνα µε το κανονικό στατιστικό σύνολο. Πραγµατοποιεί, δηλαδή<br />
δειγµατοληψία των απεικονίσεων σύµφωνα µε µια προδιαγεγραµµένη κατανοµή, αυτή του<br />
κανονικού στατιστικού συνόλου. Απλοί µέσοι όροι κατά την διάρκεια της προσοµοίωσης<br />
είναι ισοδύναµοι µε τους µέσους όρους στατιστικού συνόλου (ensemble average). ∆ιάφορες<br />
µορφές της τεχνικής αυτής περιγράφονται στις µελέτες [10][12].<br />
2.3.3 Μοριακή ∆υναµική (Μ∆)<br />
Η µέθοδος της Μοριακής ∆υναµικής (Μ∆) είναι µία από τις αιτιοκρατικές µεθόδους<br />
(deterministic methods) προσοµοίωσης, σε αντίθεση µε τις στοχαστικές µεθόδους (stochastic<br />
methods), που βασικός εκπρόσωπός τους είναι η µέθοδος Monte-Carlo. Οι τεχνικές Monte<br />
Carlo αποτελούν ένα πολύ ισχυρό εργαλείο για τον υπολογισµό θερµοδυναµικών ιδιοτήτων<br />
ισορροπίας, καθόσον οι κινήσεις µπορούν να σχεδιαστούν κατά τέτοιο τρόπο ώστε να<br />
επιτρέπουν αποτελεσµατική δειγµατοληψία της επιθυµητής πυκνότητας πιθανότητας.<br />
Εντούτοις όµως, οι µέθοδοι Monte Carlo δεν είναι δυνατό να δώσουν απευθείας πληροφορίες<br />
για τη δυναµική κατάσταση καθόσον δεν συµπεριλαµβάνουν το χρόνο στην εξέλιξη του<br />
συστήµατος. Η µέθοδος της Μ∆ αναπτύχθηκε αρχικά από τους Adler και Wainwright to<br />
1956 [20] και συνίσταται στην αριθµητική επίλυση των εξισώσεων κίνησης του Newton, Ν<br />
ατόµων, τα οποία υποθέτουµε ότι αλληλεπιδρούν µεταξύ τους µε κάποιο γνωστό δυναµικό<br />
[21]. Η µελέτη αυτή συντέλεσε στην ανάδυση πολλών και σηµαντικών νέων απόψεων για τη<br />
συµπεριφορά των απλών υγρών. Το επόµενο µεγάλο βήµα έγινε το 1964, όταν ο Rahman<br />
διεξήγαγε την πρώτη προσοµοίωση χρησιµοποιώντας εξισώσεις που εκφράζουν µε αρκετά<br />
ρεαλιστικό τρόπο τις διαµοριακές δυνάµεις στο υγρό Αργό (Ar) [22]. Η πρώτη Mοριακή<br />
∆υναµική προσοµοίωση ενός ρεαλιστικού συστήµατος έγινε πραγµατικότητα από τους<br />
Rahman και Stillinger, προσοµοιάζοντας το νερό στην υγρή κατάσταση το 1974 [23]. Το<br />
1977 πρωτοεµφανίστηκαν οι προσοµοιώσεις πρωτεϊνών µε την εξοµοίωση του παρεµποδιστή<br />
της παγκρεατικής θρυψίνης (Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor, BPTI) [24]. Σήµερα κάθε<br />
ενδιαφερόµενος µπορεί να βρει πολυάριθµες µελέτες Μοριακής ∆υναµικής προσοµοίωσης<br />
διαλυµάτων πρωτεϊνών, συµπλεγµάτων πρωτεϊνών-DNA και συστηµάτων λιπιδίων, που<br />
απευθύνονται σε µια ποικιλία προβληµάτων, όπως η θερµοδυναµική πίσω από την<br />
αναδίπλωση στο χώρο µικρών µορίων πρωτεΐνης. Για να λάβει κανείς πληροφορίες σχετικές<br />
µε τη δυναµική κατάσταση, είναι απαραίτητο να ακολουθηθεί µια διαφορετική προσέγγιση, η<br />
22
Change language