Κεφάλαιο 1 - Nemertes

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 6 ο
distance επιστρέφει την απόσταση µεταξύ δύο σωµατιδίων χρησιµοποιώντας τα
απότελέσµατα των δυο πρώτων, ενώ η sqrt_distance απλά επιστρέφει την ευκλείδεια
απόσταση µεταξύ δύο σηµείων.
Ένα άλλο σηµείο που πρέπει να παρουσιαστεί είναι ο τρόπος υπολογισµού των γειτονικών
σωµατιδίων. Για την απλοποίηση των υπολογισµών, κάθε σωµατίδιο απόθηκεύει µια λίστα
µε τα σωµατίδια τα οποία είναι εντός της ακτίνας αλληλεπίδρασής του όπως αυτή ορίσθηκε
νωρίτερα. Έτσι, όταν υπολογίζεται το δυναµικό, λαµβάνονται υπ’ όψη µόνο αυτά και όχι το
σύνολο του µοντέλου. Περιοδικά η λίστα αυτή ανανεώνεται για να συνυπολογίσει τις
µετακινήσεις των σωµατιδίων. Η περιοδικότητα της ανανέωσης απότελεί επιλογή του
χρήστη.
private static void calculateMorsePotentialNeighbors(Particle p)
{
Map neighbors = p.getNeighbors();
Iterator neighbors_iter = neighbors.keySet().iterator();
calculateMorsePotentialIter(p, neighbors_iter, false);
}
Στην παραπάνω συνάρτηση χρησιµοποιείται η έτοιµη λίστα των γειτονικών σωµατιδίων για
τον υπολογισµό του δυναµικού.
static void calculateNeighbors(Iterator iterator, ParticlesProxy particlesProxy)
{
noOfNeighborCalculations++;
if (noOfNeighborCalculations >= MDParameters.NEIGHBOR_STEP)
{
System.out.println("Calculating neighbors...");
for (Iterator iter = iterator; iter.hasNext();)
{
//calculate the potential
Particle p = (Particle) iter.next();
int before = p.getNeighbors().size();
//
p.clearNeighbors();
doCalculateNeighbors(p, particlesProxy.getParticlesIterator());
int after = p.getNeighbors().size();
if (before != after)
{
System.out.println("########## DIFFERENCE ");
System.out.println("AFTER Particle " + p.getId() + " has " + after + "
neighbors");
System.out.println("BEFORE Particle " + p.getId() + " has " + before + "
neighbors");
235