Κεφάλαιο 1 - Nemertes

ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΚΩ∆ΙΚΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ∆ΥΝΑΜΙΚΗΣ
226
currentPhase = Phase.initialState;
}
else
{
for (Iterator iter = particlesProxy.getParticlesIterator(); iter.hasNext();)
{
Particle p = (Particle) iter.next();
MDFunctions.rescaleVelocities(p);
}
currentPhase = Phase.equilibration;
}
}
Στη φάση αυτή επαναπροσδιορίζονται οι ταχύτητες των σωµατιδίων ανάλογα µε την τελική
επιθυµητή θερµοκρασία του κρυστάλλου. Αν η τελική θερµοκρασία επιτευχθεί το σύστηµα
περνάει στη φάση του initialState. Εάν όχι επιστρέφει στη φάση του equilibration.
private void doInitialState()
{
// capture the initial state in a CSV file for future reference
particlesProxy.extractCompleteModel(runID + " - Initial State.csv");
if (DEBUG)
System.out.println("INITIAL STATE");
if (DEBUG)
System.out.println(particlesProxy.getInformation());
if (DEBUG)
System.out.println("###############################################");
System.out.println("Temperature: " +
MDFunctions.calculateTemperature(particlesProxy.getParticlesIterator()));
currentPhase = Phase.laserImpulse;
}
Στη φάση αυτή απότυπώνεται το σύστηµα σε ένα αρχείο. Κατόπιν, περνάει απευθείας στη
φάση του laserImpulse. Η φάση του initalState ουσιαστικά δηλώνει ότι το σύστηµα έχει
εξισορροπηθεί, και ότι είναι έτοιµο να δεχτεί την εφαρµογή της ακτινοβολίας του Laser.
private void doLaserImpulse()
{
simulationResults.initLaserEnergy();
if (cnt_timeSteps % (simulationParameters.laser.getTD_steps() +
simulationParameters.laser.getTP_steps()) < simulationParameters.laser.getTP_steps())
{
// add energy to the particles
for (Iterator iter = particlesProxy.getParticlesIterator(); iter.hasNext();)
{