Identifizierung und Charakterisierung von potentiellen ...

Diskussion 99
Im Legionella pneumophila Corby-Genom zeichnen sich vor dem pil-Operon (pilM-pilQ)
sowohl die stringente Sequenz als auch die weniger stringente ab. Die weniger stringente liegt
dabei genau -35 Bp vor Beginn (s. Abb. VI.2), die LTTR-Box TTA-N 7/8 -TAA befindet sich
knappe -120 Bp vor Transkriptionsbeginn von pilM. Ob eine der beiden
regulationskompatiblen DNA-Abschnitte tatsächlich auch von FlaR erkannt wird, ist
experimentell nur bedingt überprüft worden. Computersoftware-gestützte Vorhersagen zur
Abb. VI.2 Ausschnitt vom Legionella pneumophila Corby Genom im Bereich des pil-Operons und der
davorliegenden putativen LTTR-Box. Die Box mit der Nukleotidsequenz AACGTCGGGTTTT ist gelb hinterlegt
und liegt genau -35 Bp vor dem Translationsbeginn von pilM, welches links der LTTR-Box in hellblau illustriert
ist. Neben der hier veranschaulichten Box findet sich noch eine weitere (nicht gezeigte) potentielle LTTR-
Erkennungssequenz am Ende des Gens LPC_2364, ca. -120 Bp vor Beginn von pilM mit der Reihenfolge
TTACTTTGGGTTAA.
bakteriellen Promotor- oder Regulator-Identifizierung sind wegen der geringen
Konservierung dieser DNA-Regionen alleine noch nicht sehr aussagekräftig [Towsey et al.,
2007; Benos et al., 2002]. Neben Computervorhersagen sollten auch immer praktische
Experimente, wie Gel-shift Assays oder Real-Time PCR, zur Auswertung herangezogen
werden. Allerdings sprechen die Ergebnisse der hier durchgeführten RT-PCR (s. Kap. 5.5.1)
gegen eine direkte Regulation des pil-Operons bzw. von pilN durch FlaR. Details dazu s.
Kap.6.3.