Identifizierung und Charakterisierung von potentiellen ...

Ergebnisse 72
werden. Zwar zeigte sich im SDS-Gel aufgetrennt innerhalb dieser gesammelten Fraktion der
fliA - -Mutante nur eine einzelne Proteinbande mit einer Größe von ca. 17 kDa; zu wenige
Peptidmassen waren aber bestimmbar, um eine eindeutige Identifizierung durchführen zu
können.
In Abb. V.14 sind zwei Chromatogramme präsentiert, die trotz gleicher Fraktionen nicht
vergleichbar sind. Ähnlich inkomparabel haben sich andere fliA - -Auftrennungen gezeigt. Das
lag unter anderem an der schlechter werdenden Auflösung in der reversen Phase, wodurch
Abb. V.14 Auftrennung der Fraktion Nr.
25 der fliA - -Mutante (schwarz) und des
Wildtyps (rot). Zu erkennen ist, dass die
Auftrennung im Fall der fliA - -Mutante
gerade in der letzten Hälfte der
Retentionszeiten im Vergleich zum
Wildtyp nicht aufgelöst genug erscheint.
Eine komparative Auswertung ist somit
nur eingeschränkt möglich.
einzelne Peaks und damit Proteine nicht aufgetrennt wurden und unter einem viel zu breiten
Peak bzw. einer Anhebung verschwanden, wie auch in der Abb. V.14 zu erkennen ist.
Einzelne Peaks waren somit nicht mehr sichtbar und auch nicht mehr einzeln im
Fraktionskollektor aufzutrennen. Die Ursachen dafür konnten nicht geklärt und das Phänomen
nicht behoben werden.
Der dominanteste Unterschied, das fehlende PilN-Protein in der flaR - -Mutante (s. Abb. V.9),
ist in der Auftrennung der fliA - -Mutante nicht ausgeblieben, sondern als nahezu
gleichwertiger Peak im Vergleich zum Wildtyp sichtbar (s. Abb. V.15).
Insgesamt konnten bei den Untersuchungen der Mutanten und des Wildtyps auch hier, ähnlich
wie im Fall der 2D-Gelelektrophorese, nicht alle potentiell differenziert exprimierten Gene
per MALDI-TOF-Massenspektrometrie identifiziert werden. Meistens lag die Ursache in
einer zu geringen Anzahl an detektierbaren Peptidmassen, die möglicherweise auf einen
unvollständigen Trypsin-Verdau, eine zu geringe Proteinmenge oder nicht ionisierbare
Peptidfragmente zurückzuführen ist.