Identifizierung und Charakterisierung von potentiellen ...

Diskussion 92
Glykosylierung oder Phosphorylierung, das Molekulargewicht der Peptidfragmente erhöhen
und dann fälschlicherweise, wenn diese Modifikationen in der Annotierung nicht
berücksichtigt sind, diese Massen einer anderen Aminosäuresequenz zugeordnet werden.
Wenn Modifikationen, wie z. B. die Methionin-Oxidation, dann auch als solche erkannt
werden, erhöhen sie die Wahrscheinlichkeit der Aminosäuresequenz-Zuordnung der
detektierten Massen.
Um die Validität zugeordneter Peptide im identifizierten Protein weiter zu verstärken, kann
man das C-terminale Ende überprüfen. Krause et al. [1999] haben festgestellt, dass die
basische Aminosäure Arginin meist eine bessere Ionisation in der Gas-Phase verspricht und
somit in den größten Peaks gegenüber der Aminosäure Lysin beim Trypsin-Verdau dominiert.
So findet man beim größten annotierten Peak (also kein Marker oder Verschmutzung) vom
CsrA, TpR, EtfB oder HtpB ein endständiges Arginin (s. Abb. VI.1). Das trifft aber nicht in
jedem Fall zu, oft (z. B. im Fall des identifizierten Trigger Factors) sind die endständigen
Aminosäurereste Arginin und Lysin in den Peaks gleich verteilt.
Abb. VI.1 Massenspektrum mit annotierter Peptidzugehörigkeit vom identifizierten CsrA-Protein. Der höchste
und mit der Masse 1515,805 Da belegte Peak zeigt am C-terminalen Ende einen Argininrest (grün
hervorgehoben). Wie oben schon angeführt, kann das als zusätzliche Verifizierung der zugeordneten
Peptidmasse im Protein CsrA angesehen werden. Die beiden links vom beschriebenen Peak zu sehenden großen
Peaks sind Markermassen und somit nicht in der Proteinsequenz zu finden.
Auffallend in der Tabelle V.2 ist die Diskrepanz des theoretischen IEP zum
experimentellen IEP einiger Proteine, wie PilN, YhbH oder RpsN. Es wird in einigen