Identifizierung und Charakterisierung von potentiellen ...

Ergebnisse 65
Pfeilenummer im
Gelbild/Name
Molekulargewicht
im Gel/theor.
IEP im
Gel/theor.
Beschreibung/Funktion
Sequenzabdeckung
identifizierte
Peptide
Wildtyp - fliA - (s. Abb. V.5)
4 - FliC 47 kDa/47,8 kDa 4,6/4,7 C-Terminus der
Flagellin-Untereinheit
28,2 % 9
Wildtyp intrazellulär - Wildtyp Nährmedium (s. Abb. V.7)
A - IcmX 48 kDa/51,6 kDa 5,8/6,4 Intrazelluläres
23,2 % 9
Multiplikationsprotein
C - GspA 20 kDa/18,9 kDa 6,1/5,9 Globales Stressprotein 25,3 % 5
Tab. V.1 Identifizierte Proteine und deren Beschreibung. Die meisten Proteine sind aus den Wildtyp-Gelen und
teilweise den Mutanten-Auftrennungen ausgeschnitten und für die Identifizierung vorbereitet und eingesetzt
worden. Die Molekulargewichte sind mit Hilfe des Proteinmarkers beurteilt, die IEP der Proteine anhand der
immobilisierten Fokussierungsstreifen bestimmt worden. Alle theoretischen Werte sind anhand der
Proteinsequenzen errechnet worden. Die Sequenzabdeckung gibt die Prozentmenge der mit MALDI-TOF-
Massenspektrometrie detektierten Peptide an, die zur Gesamtsequenz des identifizierten Proteins passen. Die
Anzahl der tatsächlich gefundenen Peptide findet sich in der letzten Spalte.
Da die hier benutzte Software keinen sog. score-Wert, der die Wahrscheinlichkeit der
Übereinstimmung von detektierten Peptidmassen und zugeordnetem Protein unter
Berücksichtung diverser Parameter berechnet, ausgeben kann, sind nur Proteine als
identifiziert annotiert worden, deren Molekulargewicht und IEP mit den Beobachtungen im
Gel gut übereinstimmen. Ferner sollte die Sequenzabdeckung über 25 % liegen und es sollten
mindestens fünf Peptidmassen zugewiesen werden können.
Kein Protein zeigt starke Abweichungen von observierten und theoretisch ermittelten
Charakteristiken. Ledig IcmX zeigt eine leicht geringere Sequenzabdeckung als 25 %.
Sowohl in der flaR - - als auch der fliA - -Mutante erscheint das fliC-Gen im Vergleich zum
Wildtyp herunterreguliert. Da beide Mutanten in Genen deletiert sind, die in die Regulation
der Flagelle involviert sind, ist dieser Fund zunächst nicht ungewöhnlich. Die meisten
heruntergeregelten Proteine der flaR - -Mutante scheinen auf den ersten Blick keine klare
Verbindung zum deletierten Transkriptionsregulator aufzuweisen und nicht als
Virulenzfaktoren zu gelten. Bei der fliA - -Mutante konnte nur das FliC identifiziert werden,
die vier weiteren Proteine, die geringer exprimiert oder auf dem Gelbild gar nicht
auszumachen sind, konnten keinem bekanten Protein zugeordnet werden.
Unerklärlicherweise fehlt vermutlich beim Wildtyp, der intrazellulär gewachsen ist, das bei
den im Nährmedium gewachsenen Zellen stark vorhandene IcmX-Protein, welches in
Verbindung mit zahlreichen anderen Untereinheiten einen essentiellen Bestandteil des
Dot/Icm-Apparates ausmacht [Matthews & Roy, 2000].