Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

xviiLISTA DE ABREVIATURAS*dpf docking parameter file*gpf grid parameter file1D Unidimensional3D TridimensionalADT AutoDockToolsAM1 Austin Model 1AMBER Assisted Model Building and Energy RefinementCADD Compute-Aided Drug DesignCASTp Computed Atlas of Surface and Topography of proteinsCHARMM Chemistry at HARvard Macromolecular MechanicscLogP Lipofilicidade calculadaCMV CitomegalovirsDFT Density Functional Teory (Teoria do Funcional da Densidade)DNA Deoxiribonucleic Acid (Ácido Desoxirribonucleico)GA Genetic Algorithm (Algoritmo Genético)HIV Human Immunodeficiency virus (Vírus da Imunodeficiência Humana)HSSP Homology-derived Secondary Structure of Proteins databaseHSV-1 Herpes Simplex VirusConcentração que inibe 50% da viabilidade viralIC 50ICP35 Infected cell proteinLGA Lamarckian Genetic Algorithm (Algoritmo Genético Lamarckiano)LogS Solubilidade IntrínsecaMMFF Molecular Mechanics Force Field (Campo de Força de Mecânica Molecular)OPLS Optimized Potentials for Liquid SimulationsPDB Protein Data BankPM3 Parametric Model 3PM6 Parametric Model 6PMP Protein Model PortalRM1 Recife Model 1RMSD Root Mean Square DeviationSA Simulated Annealing (Anelamento Simulado)SAR Structure Activity Relationship (Relação Estrutura e Atividade)SMR SWISS-MODEL RepositoryVP Viral protein