Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

34Pontuações Modelo Modeller x 1AT30,80,70,60,50,40,30,20,10-0,1R V I V G L L D G S E A D D V A L P N L I V H A C V R L V D P G F V L A V L R L T A A I E R P L R E L Y I N L S S A K L G A P R L A V L A G R G I T D G D A A F H S A R G R L A A L L G T A G E L H L S A N M L D W L A R R A I G T L AAminoácidosModelo ModellerFigura 16: Gráfico comparativo das pontuações obtidas através do Verify 3D do modelogerado através do programa MODELLER (verde) e do modelo da protease de HSV-2, 1AT3(Azul).1AT3Comparando os resultados obtidos para o modelo gerado através do servidor SWISS-MODEL e o modelo gerado através do programa MODELLER9v10, é possível observaratravés dos métodos de validação que o modelo gerado pelo programa MODELLER9v10apresentou melhores resultados tanto no gráfico de Ramachandran quanto na pontuação deaminoácidos por Verify 3D. Sendo assim, os resultados de validação são indicativos de que oprograma MODELLER foi capaz de predizer o modelo da protease de HSV-1 com maiorprecisão que o servidor SWISS-MODEL no modo automático. Assim, o modelo da proteasede HSV-1 gerado pelo programa MODELLER foi selecionado para os estudos subseqüentesde docking molecular.Para verificar o desvio existente entre o modelo gerado e a protease de HSV-2, foi feitoum alinhamento no programa Sybyl onde foi calculado o RMSD (Root Mean SquareDeviation) entre as duas estruturas. O valor encontrado de RMSD foi de 0,308 Å e foiavaliada a posição da tríade catalítica em ambos os modelos, onde foi possível observar que atríade catalítica composta por His61, Ser129, His148, apresenta a mesma orientação nas duasestruturas terciárias(Figura 17).