Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

30Figura 11: À esquerda, modelo tridimensional obtido através do servidor SWISS-MODELpara a protease de HSV-1. Hélices α em azul, folhas β em rosa e regiões em alça em laranja.À direita, Gráfico de Ramachandran do modelo da protease de HSV-1. Regiões maisfavoráveis (A,B,L -vermelho), Regiões adicionais permitidas (a,b,l,p - amarelo escuro),Regiões generosamente permitidas (~a, ~b, ~l, ~p - amarelo claro), Regiões não permitidas(branco). Regiões de hélice α (a, ~a ou A), Regiões de folha β (b, ~b, ou B), Regiões de héliceα de mão esquerda (l, ~l ou L), Regiões para Glicina (p ou ~p).De acordo com o programa Verify 3D, 81,03% dos resíduos de aminoácidosapresentaram média de pontuação 3D-1D maior que 0,2, sugerindo que o modelo obtidoatravés do servidor SWISS-MODEL foi gerado corretamente (Figura 12). Este gráficoevidencia a presença de lacunas de aminoácidos no modelo da protease de HSV-1. A análisedos aminoácidos ausentes mostrou que nenhum aminoácido da tríade catalítica e do sítio deligação estava localizado nas lacunas, o que ratifica a validade do modelo da protease deHSV-1.