Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

33Figura 15: À esquerda, modelo tridimensional obtido através do programa MODELLER paraa protease de HSV-1. Hélices α em vermelho, folhas β em amarelo e regiões em alça emverde. À direita, Gráfico de Ramachandran do modelo da protease de HSV-1. Regiões maisfavoráveis (A,B,L -vermelho), Regiões adicionais permitidas (a,b,l,p - amarelo escuro),Regiões generosamente permitidas (~a, ~b, ~l, ~p - amarelo claro), Regiões não permitidas(branco). Regiões de hélice α (a, ~a ou A), Regiões de folha β (b, ~b, ou B), Regiões de héliceα de mão esquerda (l, ~l ou L), Regiões para Glicina (p ou ~p).A validação utilizando o programa Verify3D mostrou um valor de pontuação média 3D-1D maior que 0,2 de 87,93%. Para avaliar o perfil da curva obtido pelas pontuações dosaminoácidos do modelo obtido pelo programa MODELLER9v10 em relação à curva obtidapelas pontuações dos aminoácidos do molde (HSV-2) foi gerado um gráfico comparativo(Figura 16).