Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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xviiiSUMÁRIO1 INTRODUÇÃO ........................................................................................................ 11.1 HERPES ............................................................................................................. 11.2 ESTRUTURA DO HSV.................................................................................. 21.3 FÁRMACOS UTILIZADOS NA TERAPIA CONTRA O HSV ........................... 31.4 PROTEASE VIRAL ............................................................................................ 51.5 INIBIDORES DE SERINO PROTEASE DE VÍRUS HERPES ............................ 71.6 PLANEJAMENTO RACIONAL DE NOVOS FÁRMACOS ............................. 101.6.1 Modelagem Molecular ................................................................................ 121.6.1.1Mecânica Molecular ................................................................................ 141.6.1.2 Mecânica Quântica ................................................................................. 141.6.2 Modelagem Comparativa ............................................................................ 151.6.3 Docking Molecular ..................................................................................... 171.6.3.1 Algoritmo Genético ................................................................................. 181.6.4 Estudo de Druglikeness e Drugscore .......................................................... 192 JUSTIFICATIVA .................................................................................................. 213 OBJETIVO ............................................................................................................ 223.1 OBJETIVOS ESPECÍFICOS ............................................................................. 224 METODOLOGIA .................................................................................................. 234.1 MODELAGEM COMPARATIVA DA HSV-1 PROTEASE .............................. 234.1.1 Obtenção da estrutura tridimensional .......................................................... 234.1.2 Validação dos modelos ............................................................................... 234.2 RELAÇÃO ESTRUTURA ATIVIDADE .......................................................... 244.3 CONSTRUÇÃO DOS COMPOSTOS ............................................................... 264.4 DOCKING MOLECULAR ................................................................................ 274.4.1 Docking molecular ..................................................................................... 274.4.2 Preparação dos arquivos do AutoDock ........................................................ 274.5 ESTUDO DE DRUGLIKENESS E DRUGSCORE .............................................. 285 RESULTADOS E DISCUSSÃO ............................................................................ 295.1 MODELAGEM POR HOMOLOGIA ................................................................ 295.1.1 SWISS-MODEL ......................................................................................... 29
xix5.1.2 MODELLER .............................................................................................. 325.2 ESTUDO DA RELAÇÃO ESTRUTURA E ATIVIDADE (SAR) ...................... 415.3 DOCKING MOLECULAR ............................................................................... 455.3.1Validação do docking molecular .................................................................. 455.3.2 Docking Molecular das Benzoxazinonas ..................................................... 525.3.3 Método de análise do docking molecular .................................................... 545.3.4 Docking molecular do composto 26 ............................................................ 545.3.5 Docking molecular das demais benzoxazinonas .......................................... 585.4 AVALIAÇÃO DE DRUGLIKENESS E DRUGSCORE ...................................... 765.5 PROPOSTA DE NOVAS MOLÉCULAS PARA A TERAPIA ANTI-HSV-1 .... 785.5.1 Docking Molecular Novos Compostos ........................................................ 785.5.2 Estudo de Druglikeness e Drugscore dos Novos Compostos ....................... 846 CONCLUSÕES ...................................................................................................... 877 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS .................................................................. 88APÊNDICE A ........................................................................................................... 95APENDICE B .......................................................................................................... 101
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