Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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37(SWISS-MODEL Repository) e ModBase. Dentre estes, dois foram selecionados ecomparados com a estrutura terciária obtida através do programa MODELLER: SMR eModBase. Como o arquivo da estrutura terciária do modelo gerado através do ModBase nãose encontra disponível, um arquivo em formato *.PDB foi construído através das coordenadasdisponíveis no ModBase. As duas estruturas terciárias obtidas através do ModBase e SMRforam validadas utilizando o programa Procheck e Verify 3D.O resultado do gráfico de Ramachandran obtido para o modelo da literatura geradoatravés do ModBase (Figura 19) mostrou que 89,8% dos resíduos de aminoácidos encontramseem regiões permitidas e nenhum em regiões não permitidas. A análise pelo Verify 3D(Figura 20) mostrou que 81,03% dos resíduos tem valor de pontuação média 3D-1D maiorque 0,2.
Figura 19: Gráfico de Ramachandran do modelo da protease de HSV-1 encontrado naliteratura gerado através do servidor ModBase. Regiões mais favoráveis (A,B,L -vermelho),Regiões adicionais permitidas (a,b,l,p - amarelo escuro), Regiões generosamente permitidas(~a, ~b, ~l, ~p - amarelo claro), Regiões não permitidas (branco). Regiões de hélice α (a, ~aou A), Regiões de folha β (b, ~b, ou B), Regiões de hélice α de mão esquerda (l, ~l ou L),Regiões para Glicina (p ou ~p).38
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