Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

525.3.2 Docking Molecular das BenzoxazinonasAs conformações de menor energia dos compostos com cargas elestrostáticas atribuídas,previamente construídos e minimizados através do programa Spartan’10, foram selecionadaspara os estudos de docking molecular. Os compostos 15, 16, 24 e 25 não seguiram esteparâmetro, uma vez que as conformações de menor energia não correspondiam àconformações estendidas. De acordo com a literatura, os resultados de docking molecular sãoinfluenciados pela conformação adotada como inicial para os cálculos, de forma que, quantomais estendida, menor a energia correspondente às interações intramoleculares (HUEY et al.,2007).As cadeias principais da porção peptídica do ligante foram imobilizadas conformedescrito na validação da metodologia, mantendo as cadeias laterais e as demais cadeiasprincipais livres para diferentes incrementos conformacionais utilizando o programaAutoDockTools.Como nem todas as benzoxazinonas possuíam cadeias principais peptídicas, otratamento das torções da cadeia principal foi feito da seguinte forma: a cadeia principal quena validação permaneceu completamente rígida por ser completamente peptídica, foiimobilizada nas benzoxazinonas apenas em regiões peptídicas deixando a parte da cadeiaprincipal não peptídica, flexível (Figura 29). Sendo assim, os ligantes teriam graus deliberdade maiores, aumentando o número de chances de encontrar conformações corretas.