Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

56Ala39, Val28, Leu130, Ala131, Ala150, Leu151, Ile154, Gly155, Leu158 e Gly159,aminoácidos de característica hidrofóbica (Figura 31). Como a tríade catalítica e as cavidadesvizinhas são bastante expostas ao solvente, é possível que estas interações hidrofóbicasestejam contribuindo para a redução da entalpia do sistema, minimizando a exposição deresíduos de característica hidrofóbica ao meio fisiológico de característica hidrofílica, atravésda dessolvatação destes aminoácidos. Não obstante, esta interação pode ocasionar o aumentoda entropia do sistema devido à formação do agregado ligante-receptor que promove reduçãoda área hidrofóbica exposta tanto do ligante, quanto do receptor. Assim, é possível que hajaaumento da entropia que, associado à perda entálpica, diminui a energia livre de ligação docomplexo.Estas evidências sugerem a contribuição destas interações na estabilização do ligante nacavidade, que contribuem para a atividade inibitória deste composto. A presença do conjuntode interações vistas através do estudo de docking molecular do composto 26 corrobora omecanismo proposto para as benzoxazinonas e o dado referente à atividade encontrado naliteratura (JARVEST et al., 1996).Figura 31: Composto 26 (amarelo) na superfície da protease (verde), após o dockingmolecular. Em laranja, resíduos com característica hidrofóbica da cavidade.O complexo formado pela protease de HSV-1 e a benzoxazinona 26 também foianalisado utilizando o servidor PoseView, cujo resultado foi comparado ao resultado daFigura 30. Este servidor considera como parâmetros para a formação de ligações hidrogênioentre átomos numa distância ótima de (1,4 - 2,4 Å) e um ângulo de no mínimo 120°