Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

47rígida, deixando apenas as cadeias laterais livres (Figura 25). Na literatura, a utilização dacadeia principal rígida já foi descrita em alguns trabalhos de docking de peptídeos(OSTERBERG et al., 2002; MADURGA et al., 2005; SODERO, 2011). Também háevidências de que inibidores peptídicos adotam a conformação estendida, também chamadade canônica, para formar uma folha beta antiparalela com o sítio ativo polipeptídico(HEDSTROM, 2002).N H 2NOOHONHHNNHNHNHOOOO(31)Figura 25: Ligante peptídeomimético (31). As ligações químicas destacadas em vermelhoforam mantidas rígidas durante o re-docking.Um dos parâmetros do algoritmo que necessitou de ajuste foi o elitismo, quecorresponde à taxa que regula a quantidade de indivíduos que sobrevivem a uma determinadaavaliação para a próxima geração. Foi utilizado o valor de 10% da população inicial (150), ouseja, 15. A taxa de crossover também foi modificada de 0,8, valor padrão do programa,chegando ao valor ideal de 0,6. Esta taxa indica a quantidade de cruzamentos realizados entreas estruturas químicas obtidas através do algoritmo. Com a redução deste valor há umaredução da quantidade de cruzamentos entre estruturas diferentes e, consequentemente, comestruturas desfavoráveis. Por este motivo, é possível que a redução da taxa de crossover tenhamelhorado os resultados obtidos.Os melhores resultados para a validação foram obtidos utilizando-se os parâmetros doalgoritmo genético da Tabela 5, que foram utilizados para estudos de docking molecular comos derivados de benzoxazinonas.