Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

46Uma alternativa foi utilizar o programa AutoDock Vina. Os resultados obtidos foramsemelhantes aos obtidos pelo programa AutoDock 4.2. Tendo em vista os fatos relatados, apossibilidade de utilizar a protease de HSV-2 como re-docking foi desconsiderada. Umaprovável justificativa para o posicionamento incorreto do ligante fosfato de di-isopropila, é apresença do átomo fósforo na estrutura do ligante, o que poderia estar causando erro de leiturados átomos pelo programa AutoDock 4.2.Uma vez que a possibilidade de uso da protease de HSV-2 como modelo para redockingfoi excluída, foi necessário selecionar outra estrutura para realizar a validação. Apósuma nova busca no bando de dados PDB, foi selecionada a protease de citomegalovírus(CMV), sob o código PDB 1NJU (KHAYAT et al., 2003). A protease de CMV apresentou-secomo candidata, uma vez que a estrutura apresenta identidade de 30% com a protease deHSV-1 e ainda, encontra-se associada ao peptideomimético 0FP (N-(6-aminohexanoil)-3-metil-L-valil-3-metil-L-valil-N~1~-[(2S,3S)-3-hidroxi-4-oxo-4-{[(1R)-1-fenilpropil]amino}butan-2-il]-N~4~,N~4~-dimetil-L-aspartamida) (31) (Figura 24) queapresenta características semelhantes às das benzoxazinonas. A estrutura foi editada damesma forma descrita para a estrutura 1AT3 do PDB.N H 2NOOHONHHNNHNHNHOOOO(31)Figura 24: Ligante peptídeomimético 0FP (31) obtido através da estrutura 1NJU do PDB.Os parâmetros avaliados foram: elitismo, taxa de crossover, taxa de mutação, tamanhoda população, número de avaliações, número de gerações, número de torções livres, tamanhoe posicionamento do mapa de grade.Para selecionar a melhor combinação de parâmetros foi considerada a localização daconformação de menor RMSD no cluster mais populoso e de menor energia de ligação. Paraobter um bom resultado, foi necessário manter a parte peptídica da cadeia principal do ligante