Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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9Figura 7: Mecanismo catalítico geral aceito para serino-proteases (Adaptado de HEDSTROM,2002)O mecanismo proposto de inibição da protease de HSV-1 pelas benzoxazinonas, sugerea formação de uma ligação do tipo covalente com o resíduo Ser129 (JARVEST et al., 1996).Outras evidências da literatura sugerem que interações realizadas com os resíduos His61 eHis148, também aminoácidos da tríade catalítica, são possíveis causas da inibição da proteasede HSV-1 (WAXMAN & DARKE, 2000). O posicionamento do resíduo His61 na estruturada protease possibilita a realização de uma ligação hidrogênio com a Ser129 estabilizando ointermediário formado quando ocorre o ataque nucleofílico da Ser129 à carbonila durante aclivagem da protease (HEMMATEENEJAD & ELYASI, 2009). Sugere-se que o resíduoHis148 desempenhe uma função semelhante à His61.Outros resíduos também destacados na literatura são as argininas 156 e 157(HEMMATEENEJAD & ELYASI, 2009). Experimentos de mutações na protease de CMVcom cada um destes resíduos pelo resíduo de alanina indicaram que o resíduo Arg157 é maisimportante que o resíduo Arg156 para a atividade da protease, uma vez que a mutação doresíduo Arg157 causou quase total perda da atividade catalítica da protease de HSV-1,enquanto a mutação da Arg 156, provocou apenas uma inibição parcial. Estes dois resíduos dearginina são conservados em toda família Herpesviridae, e ficam localizados próximos àSer129, estabilizando o intermediário tetraédrico formado quando ocorre autoclivagem daprotease (HOOG et al., 1997) (Figura 8).
10Figura 8: Estrutura tridimensional da protease de HSV-2 (PDB ID= 1AT3). Resíduos deaminoácidos considerados importantes para a inibição da enzima estão destacados em rosa, ea tríade catalítica, em azul.1.6 PLANEJAMENTO RACIONAL DE NOVOS FÁRMACOSA média de tempo para um medicamento ser desenvolvido é de 12 anos, e o custo paratrazer um novo fármaco para o mercado está entre 500 milhões e 2 bilhões de dólares(WILLIAMS & HONG, 2011). Por isso, nos últimos anos, o desenvolvimento de fármacostem se tornado racional e com focos bem definidos.A química combinatória, no passado, fornecia a síntese de várias estruturas afins compotencial farmacológico. Atualmente, ferramentas biotecnológicas associadas aos métodos dequímica medicinal vêm recebendo destaque no desenvolvimento de novas moléculas comatividade biológica (GUIDO et al., 2010). Uma das formas de desenvolvimento de fármacosutiliza informações estruturais de moléculas que são correlacionadas com um parâmetro bemcaracterizado, como a atividade biológica. O desenvolvimento racional também considera umalvo biológico de um ou mais fármacos (LAL & ARNSDORF, 2010).
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