Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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35Figura 17: Modelo da Protease de HSV-1 obtido através do programa MODELLER (amarelo)alinhado com a protease de HSV-2 (azul). Destaque em azul e verde escuros para a tríadecatalítica, composta pelos resíduos His61, Ser129 e His148.No intuito de avaliar a estrutura secundária obtida para o modelo da protease de HSV-1foi feita uma comparação com a protease de HSV-2, utilizada como molde na modelagemcomparativa. As estruturas secundárias das proteases foram geradas através do servidorPDBsum (LASKOWSKI et al., 1997; LASKOWSKI, 2001; LASKOWSKI et al., 2005;LASKOWSKI, 2009). De acordo com o resultado obtido, a estrutura secundária da proteasede HSV-1 possui 7 hélices α e 7 folhas β, também vistas na estrutura secundária da proteasede HSV-2 (Figura 18)
36Figura 18: Estruturas secundárias das proteases de HSV-1 e de HSV-2 obtidas através doservidor PDBsum.Outro modelo da protease de HSV-1 foi descrito na literatura e categorizado comopredito no banco de dados UniProt. De acordo com este banco de dados, esta categoria écaracterística de dados de entrada sem evidência protéica, de transcrição ou homologia. Osbancos de dados que apresentam as estruturas terciárias disponíveis são: HSSP (HomologyderivedSecondary Structure of Proteins database), PMP (Protein Model Portal), SMR
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