Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

61Figura 36: Representação do complexo obtido por docking molecular do composto 28 (roxo)da série de benzoxazinonas. Em destaque, as ligações hidrogênio (em verde) do composto 28com resíduos da protease de HSV-1 (azul claro).Outra característica que parece importante para a atividade das benzoxazinonas é ovolume dos substituintes. O posicionamento dos ligantes no sítio ativo da protease de HSV-1apresenta relação com o tamanho dos substituintes dos mesmos, visto que cadeias muitovolumosas não permitem que o ligante adote o mesmo posicionamento do ligante 26, o maisativo da série. Para ligantes como o composto 24, este fator exerce uma influência a atividadede forma negativa uma vez que esse derivado possui um grupamento carbonila semelhanteàquela presente no composto 26. Essa carbonila estaria sujeita ao ataque nucleofílico doátomo de oxigênio da Ser129, porém a mesma apresenta ângulo desfavorável à reação (99,3°).Foi realizada uma análise no servidor CASTp (Computed Atlas of Surface and Topography ofproteins), que faz uma estimativa do volume e área das cavidades de proteínas, através datentativa de inserção de esferas com raio de 1,4 Å. Essa análise comprovou a limitação dovolume dos substituintes.A análise do tamanho do mapa de grade gerado no processo de docking também nãodeve ser descartada, uma vez que o mesmo limita o espaço da busca conformacional doligante. Em contrapartida, o aumento do mapa de grade pode não modificar o perfil das