15Tendo em vista que a equação <strong>de</strong> Schrödinger apresenta-se sem solução exata paradiversas situações, físicos e químicos buscaram aproximações para resolver o problema <strong>de</strong>muitos corpos como, por exemplo, através da aproximação <strong>de</strong> Born-Oppenheimer discutidaanteriormente (TOSTES, 1998; LEACH, 2001; HEHRE, 2003; MARQUES & BOTTI, 2006;CORREA, 2010)Dois métodos principais possuem aplicação em química computacional para fornecerparâmetros quânticos: ab initio e semi-empírico. O método ab initio , como por exemplo ométodo Hartree-Fock fornece informações mais precisas e rigorosas sobre o comportamentoeletrônico, porém, apresenta como <strong>de</strong>svantagem o elevado tempo computacional para oscálculos em <strong>relação</strong> aos métodos semi-empíricos. Esta diferença é <strong>de</strong>corrente da utilização <strong>de</strong>parâmetros experimentais pelos métodos semi-empíricos, simplificando os cálculos epossibilitando a redução do gasto computacional (COHEN et al., 1990; MORGON &COUTINHO, 2007; ARROIO et al., 2010; CORREA, 2010). Como exemplo <strong>de</strong> métodossemi-empíricos, po<strong>de</strong>mos citar os métodos AM1, PM3, RM1 e PM6.Outro método utilizado em mecânica quântica é a Teoria do Funcional da Densida<strong>de</strong>(DFT, do inglês Density Functional Theory) que consi<strong>de</strong>ra <strong>de</strong>nsida<strong>de</strong> eletrônica comovariável necessária para o cálculo das proprieda<strong>de</strong>s eletrônicas ao invés <strong>de</strong> funções <strong>de</strong> onda.Este método apresenta-se como uma boa alternativa <strong>de</strong> cálculo quântico, pois apresentaprecisão química aceitável e boa cor<strong>relação</strong> com resultados experimentais (MARQUES &BOTTI, 2006; MORGON & COUTINHO, 2007; CORREA, 2010).1.6.2 Mo<strong>de</strong>lagem ComparativaO planejamento racional ne fármacos baseados na <strong>estrutura</strong> permite a <strong>de</strong>scoberta esíntese <strong>de</strong> compostos complementares ao seu sítio <strong>de</strong> ligação. Para este tipo <strong>de</strong> abordagem éessencial coletar informações <strong>estrutura</strong>is da proteína escolhida como alvo. Em casos em que aelucidação <strong>estrutura</strong>l do alvo não é possível ou ainda não foi <strong>de</strong>terminada, mo<strong>de</strong>los virtuaispo<strong>de</strong>m ser elaborados através da comparação <strong>de</strong> sua <strong>estrutura</strong> primária à uma ou mais<strong>estrutura</strong>s já resolvidas disponíveis em um banco <strong>de</strong> dados, como por exemplo o PDB(Protein Data Bank) (LASKOWSKI et al., 1997). A mo<strong>de</strong>lagem comparativa <strong>de</strong> uma proteínabaseia-se no conceito <strong>de</strong> evolução molecular. Isto, é parte-se do princípio <strong>de</strong> que a
16semelhança entre as <strong>estrutura</strong>s primárias <strong>de</strong>sta proteína implica em homologia <strong>de</strong> <strong>estrutura</strong>stridimensionais (LASKOWSKI, 2001).Estes métodos utilizam um algoritmo <strong>de</strong> reconhecimento <strong>de</strong> mol<strong>de</strong>s a<strong>de</strong>quados em umbanco <strong>de</strong> dados <strong>de</strong> <strong>estrutura</strong>s tridimensionais <strong>de</strong> proteínas, que <strong>de</strong>pen<strong>de</strong> do reconhecimentoda similarida<strong>de</strong> das <strong>estrutura</strong>s. A partir <strong>de</strong> um ou mais mol<strong>de</strong>s é possível gerar os resíduos <strong>de</strong>aminoácidos da proteína em estudo resultando em um mo<strong>de</strong>lo primário da <strong>estrutura</strong> que po<strong>de</strong>ser otimizado. A qualida<strong>de</strong> do mo<strong>de</strong>lo está relacionada com a quantida<strong>de</strong> <strong>de</strong> resíduosidênticos entre o mol<strong>de</strong> e mo<strong>de</strong>lo gerado (SANT'ANNA, 2009).Para construção <strong>de</strong> um mo<strong>de</strong>lo através da mo<strong>de</strong>lagem comparativa são seguidos,basicamente, quatro passos sucessivos (Figura 10): i) i<strong>de</strong>ntificação e seleção <strong>de</strong> proteínasmol<strong>de</strong>;ii) alinhamento das sequências e resíduos; iii) construção das coor<strong>de</strong>nadas do mo<strong>de</strong>lo;iv) validação.Figura 10: Esquema para obtenção <strong>de</strong> mo<strong>de</strong>lo tridimensional através da mo<strong>de</strong>lagemcomparativa.
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70Figura 43: Comparação entre os
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84de oxigênio da carbonila do subs
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86Estes resultados indicam que as m
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