Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

16semelhança entre as estruturas primárias desta proteína implica em homologia de estruturastridimensionais (LASKOWSKI, 2001).Estes métodos utilizam um algoritmo de reconhecimento de moldes adequados em umbanco de dados de estruturas tridimensionais de proteínas, que depende do reconhecimentoda similaridade das estruturas. A partir de um ou mais moldes é possível gerar os resíduos deaminoácidos da proteína em estudo resultando em um modelo primário da estrutura que podeser otimizado. A qualidade do modelo está relacionada com a quantidade de resíduosidênticos entre o molde e modelo gerado (SANT'ANNA, 2009).Para construção de um modelo através da modelagem comparativa são seguidos,basicamente, quatro passos sucessivos (Figura 10): i) identificação e seleção de proteínasmolde;ii) alinhamento das sequências e resíduos; iii) construção das coordenadas do modelo;iv) validação.Figura 10: Esquema para obtenção de modelo tridimensional através da modelagemcomparativa.