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Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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16semelhança entre as <strong>estrutura</strong>s primárias <strong>de</strong>sta proteína implica em homologia <strong>de</strong> <strong>estrutura</strong>stridimensionais (LASKOWSKI, 2001).Estes métodos utilizam um algoritmo <strong>de</strong> reconhecimento <strong>de</strong> mol<strong>de</strong>s a<strong>de</strong>quados em umbanco <strong>de</strong> dados <strong>de</strong> <strong>estrutura</strong>s tridimensionais <strong>de</strong> proteínas, que <strong>de</strong>pen<strong>de</strong> do reconhecimentoda similarida<strong>de</strong> das <strong>estrutura</strong>s. A partir <strong>de</strong> um ou mais mol<strong>de</strong>s é possível gerar os resíduos <strong>de</strong>aminoácidos da proteína em estudo resultando em um mo<strong>de</strong>lo primário da <strong>estrutura</strong> que po<strong>de</strong>ser otimizado. A qualida<strong>de</strong> do mo<strong>de</strong>lo está relacionada com a quantida<strong>de</strong> <strong>de</strong> resíduosidênticos entre o mol<strong>de</strong> e mo<strong>de</strong>lo gerado (SANT'ANNA, 2009).Para construção <strong>de</strong> um mo<strong>de</strong>lo através da mo<strong>de</strong>lagem comparativa são seguidos,basicamente, quatro passos sucessivos (Figura 10): i) i<strong>de</strong>ntificação e seleção <strong>de</strong> proteínasmol<strong>de</strong>;ii) alinhamento das sequências e resíduos; iii) construção das coor<strong>de</strong>nadas do mo<strong>de</strong>lo;iv) validação.Figura 10: Esquema para obtenção <strong>de</strong> mo<strong>de</strong>lo tridimensional através da mo<strong>de</strong>lagemcomparativa.

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