Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

49Conforme mostrado na Figura 26, o aglomerado mais populoso corresponde ao demenor energia e o valor de RMSD encontrado variou de 1,21 a 1,57 Å, onde todos osresultados encontram-se dentro da faixa estabelecida, menor ou igual a 2 (Tabela 6).Tabela 6: Resultados do programa AutoDock4.2 para o re-docking.Parâmetros analisados no AutoDockValoresNúmero de aglomerados 17Número de conformações no aglomerado mais populoso 25Maior RMSD no aglomerado mais populoso 1,57Menor RMSD no aglomerado mais populoso 1,21Menor energia de ligação do aglomerado mais populoso -4,07Posição do aglomerado mais populoso 1Para avaliar visualmente o melhor resultado obtido da validação, foi feita asobreposição da conformação obtida por difração de raios-X com a conformação de menorRMSD (1,21 Å) presente no aglomerado 1, encontrada na execução 53 (Figura 27). Asobreposição indica que as conformações são semelhantes, exceto pela cadeia da lisinadesaminada. Como apenas o átomo de oxigênio desta lisina realiza uma importante ligaçãohidrogênio com o receptor (KHAYAT et al., 2003), e ambos estão alinhados tanto no cristalquanto no confôrmero 23 do aglomerado 1, esse resíduo parece não possuir nenhum papelfuncional no ancoramento do ligante no sítio ativo do receptor e, portanto, a alteração naconformação não deve influenciar o resultado do docking.