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Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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51Ligand Explorer), ambos no programa AutoDock, o programa i<strong>de</strong>ntificou 4 das 7 ligaçõeshidrogênio presentes antes do cálculo. Esta quantida<strong>de</strong> equivale a aproximadamente 57% dasligações hidrogênio i<strong>de</strong>ntificadas pelo programa AutoDock4.2 no confôrmero inicial (Figura28).Figura 28: Re-<strong>docking</strong> do pepti<strong>de</strong>omimético com a protease <strong>de</strong> CMV. (A) Conformaçãoinicial do <strong>docking</strong> molecular, (B) Confôrmero 1 do aglomerado 1 e (C) Confôrmero 23 doaglomerado 1. Em ver<strong>de</strong>, ligações hidrogênio.Tendo em vista os resultados obtidos na validação, os parâmetros <strong>de</strong>monstrados naTabela 3 foram selecionados para dar sequência aos estudos <strong>de</strong> <strong>docking</strong> molecular com asbenzoxazinonas. Também foi validado o método <strong>de</strong> escolha dos aglomerados nos <strong>docking</strong>ssubsequentes, em que o melhor aglomerado é o mais populoso e <strong>de</strong> menor energia.

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