Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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51Ligand Explorer), ambos no programa AutoDock, o programa identificou 4 das 7 ligaçõeshidrogênio presentes antes do cálculo. Esta quantidade equivale a aproximadamente 57% dasligações hidrogênio identificadas pelo programa AutoDock4.2 no confôrmero inicial (Figura28).Figura 28: Re-docking do peptideomimético com a protease de CMV. (A) Conformaçãoinicial do docking molecular, (B) Confôrmero 1 do aglomerado 1 e (C) Confôrmero 23 doaglomerado 1. Em verde, ligações hidrogênio.Tendo em vista os resultados obtidos na validação, os parâmetros demonstrados naTabela 3 foram selecionados para dar sequência aos estudos de docking molecular com asbenzoxazinonas. Também foi validado o método de escolha dos aglomerados nos dockingssubsequentes, em que o melhor aglomerado é o mais populoso e de menor energia.
525.3.2 Docking Molecular das BenzoxazinonasAs conformações de menor energia dos compostos com cargas elestrostáticas atribuídas,previamente construídos e minimizados através do programa Spartan’10, foram selecionadaspara os estudos de docking molecular. Os compostos 15, 16, 24 e 25 não seguiram esteparâmetro, uma vez que as conformações de menor energia não correspondiam àconformações estendidas. De acordo com a literatura, os resultados de docking molecular sãoinfluenciados pela conformação adotada como inicial para os cálculos, de forma que, quantomais estendida, menor a energia correspondente às interações intramoleculares (HUEY et al.,2007).As cadeias principais da porção peptídica do ligante foram imobilizadas conformedescrito na validação da metodologia, mantendo as cadeias laterais e as demais cadeiasprincipais livres para diferentes incrementos conformacionais utilizando o programaAutoDockTools.Como nem todas as benzoxazinonas possuíam cadeias principais peptídicas, otratamento das torções da cadeia principal foi feito da seguinte forma: a cadeia principal quena validação permaneceu completamente rígida por ser completamente peptídica, foiimobilizada nas benzoxazinonas apenas em regiões peptídicas deixando a parte da cadeiaprincipal não peptídica, flexível (Figura 29). Sendo assim, os ligantes teriam graus deliberdade maiores, aumentando o número de chances de encontrar conformações corretas.
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