Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

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47rígida, deixando apenas as cadeias laterais livres (Figura 25). Na literatura, a utilização dacadeia principal rígida já foi descrita em alguns trabalhos de docking de peptídeos(OSTERBERG et al., 2002; MADURGA et al., 2005; SODERO, 2011). Também háevidências de que inibidores peptídicos adotam a conformação estendida, também chamadade canônica, para formar uma folha beta antiparalela com o sítio ativo polipeptídico(HEDSTROM, 2002).N H 2NOOHONHHNNHNHNHOOOO(31)Figura 25: Ligante peptídeomimético (31). As ligações químicas destacadas em vermelhoforam mantidas rígidas durante o re-docking.Um dos parâmetros do algoritmo que necessitou de ajuste foi o elitismo, quecorresponde à taxa que regula a quantidade de indivíduos que sobrevivem a uma determinadaavaliação para a próxima geração. Foi utilizado o valor de 10% da população inicial (150), ouseja, 15. A taxa de crossover também foi modificada de 0,8, valor padrão do programa,chegando ao valor ideal de 0,6. Esta taxa indica a quantidade de cruzamentos realizados entreas estruturas químicas obtidas através do algoritmo. Com a redução deste valor há umaredução da quantidade de cruzamentos entre estruturas diferentes e, consequentemente, comestruturas desfavoráveis. Por este motivo, é possível que a redução da taxa de crossover tenhamelhorado os resultados obtidos.Os melhores resultados para a validação foram obtidos utilizando-se os parâmetros doalgoritmo genético da Tabela 5, que foram utilizados para estudos de docking molecular comos derivados de benzoxazinonas.
48Tabela 5: Parâmetros de algoritmo genético utilizados no estudo de docking molecular noprograma AutoDock.Parâmetros algoritmo genéticoValoresPopulação inicial 150Número de avaliações 25000000Número de gerações 27000Elitismo 15Taxa de mutação 0,02Taxa de crossover 0,6Número de operações 100A escolha dos melhores parâmetros foi realizada através da avaliação dos arquivos desaída do programa AutoDock (*.dlg) utilizando-se os seguintes critérios: resultados comhistogramas com menor número de aglomerados (clusters) possíveis; resultados dehistogramas em que o aglomerado mais populoso corresponde ao de menor energia;aglomerados com RMSD menor ou igual a 2. O melhor histograma obtido, considerandoesses critérios, encontra-se ilustrado na Figura 26, cujos parâmetros utilizados foram os daTabela 5.Figura 26: Histograma obtido através do arquivo de saída do programa AutoDock.Aglomerado mais populoso corresponde ao de menor energia.
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