Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

12somados aos recursos da computação gráfica e à crescente diminuição dos custos de máquinasde alto desempenho capazes de operar estes programar e recursos (BARREIRO et al., 1997).1.6.1 Modelagem MolecularA aplicação de métodos computacionais tem se tornado uma prática rotineira eindispensável não só no estudo, planejamento e descoberta de compostos bioativos mastambém na elucidação de processos químicos e biológicos através da estrutura tridimensionalde micro e macromoléculas (MONTANARI, 2000; SANT'ANNA, 2009).A modelagem molecular consiste em um conjunto de ferramentas para construção,edição, visualização, análise e armazenamento de sistemas moleculares complexos que podemser fundamentais no planejamento racional de compostos bioativos. Desta forma, amodelagem molecular pode ainda ajudar na sugestão de novas estruturas com umadeterminada atividade biológica desejada (COHEN et al., 1990) (BARREIRO et al., 1997;SANT'ANNA, 2009).Duas estratégias podem ser utilizadas na modelagem molecular: o desenho direto, ondeas propriedades tridimensionais do receptor analisado são diretamente consideradas e odesenho indireto, que é baseada na análise comparativa das propriedades estruturais demoléculas ativas e inativas previamente conhecidas que são interpretadas em termos decomplementaridade com um modelo hipotético de um receptor (COHEN et al., 1990).Através do método direto, é possível seguir com estudos de docking ou dinâmica molecularquando a estrutura tridimensional do receptor já está elucidada em um ou mais banco dedados. Caso a estrutura tridimensional não esteja resolvida na literatura, uma etapa a mais énecessária para a obtenção da mesma. Para tal, pode–se utilizar a técnica de modelagemcomparativa, onde uma nova estrutura tridimensional é gerada com base em uma ou maisestruturas já conhecidas.Para que as interações ou as reações que ocorrem durante a ação dos bioligantes sejamefetivas, deve haver complementaridade estrutural entre o ligante e a macromolécula. Esteconceito de complementaridade foi introduzido por Emil Fischer em 1894, através do modelochave-fechadura, que descreve a formação do complexo ligante-receptor como um encaixerígido (Figura 1). Mais tarde, em 1958, o conceito de encaixe induzido foi proposto porDaniel Koshland e colaboradores, que sugere a ocorrência de uma mudança conformacionalem uma determinada subunidade enzimática induzida pelo substrato. Esta mudança