Estudos de relação estrutura atividade e docking - UFRJ

325.1.2 MODELLERPara gerar o modelo da protease de HSV-1 pelo programa MODELLER foi necessáriorealizar uma etapa de alinhamento da estrutura primária da protease de HSV-1 com a proteasede HSV-2. Este alinhamento foi realizado pelo servidor T-Coffee (NOTREDAME et al.,2000) e apresentou o valor de pontuação 98 de 100.O alinhamento foi editado através do programa ALINE de acordo com a Figura 14(BOND & SCHUTTELKOPF, 2009).Figura 14: Alinhamento da Protease de HSV-1 com a Protease de HSV-2 (modelo) editadoatravés do programa ALINE (BOND & SCHUTTELKOPF, 2009). Resíduos coloridosatravés de escala de similaridade do vermelho (resíduos de alta similaridade) até o azul claro(resíduos de baixa similaridade). Em destaque com contorno em preto, resíduos seminformação estrutural.O alinhamento obtido foi utilizado na construção dos modelos tridimensionais daprotease de HSV-1 pelo programa MODELLER9v10. O arquivo de entrada do programa foiconfigurado para a obtenção de 30 modelos, dos quais, foi selecionado o de menor energia.Este modelo foi submetido ao mesmo procedimento de validação descrito no item 5.1.1 para omodelo obtido pelo servidor SWISS-MODEL.O gráfico de Ramachandran obtido através do servidor PROCHECK apresentou90,8% dos resíduos de aminoácidos em regiões favoráveis e nenhum dos resíduos deaminoácidos em regiões não favoráveis (Figura 15).