ChemOffice.Com - CambridgeSoft

Contract All . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Test Details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
Material On/Off . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
New Request . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
New Action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Search. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Reports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Home. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
Working with Requests and Actions . . . . . . . . . . 88
Creating a New Request . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Creating a Request Short-cut . . . . . . . . . . . . . . . 89
Creating a New Action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Adding and Modifying Results . . . . . . . . . . . . . . 90
Viewing Request Details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Deleting Requests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
Administration and Configuration . . . . . . . . . . . . 91
Actions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Labs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
Test Types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Test Attributes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
Users and Security Level Definitions . . . . . . . . . 95
Setting Up Email Features . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
Section III: Biological Informatics . . . 97
Chapter 6: BioAssay . . . . . . . . . . . . . . . . . .99
Overview. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Versions of BioAssay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Logging in to BioAssay . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Terminology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Navigation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Resizing and Moving Columns . . . . . . . . . . . . . 101
Sorting Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Filtering Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Tips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Refreshing the Data View . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Printing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Exporting Data to Excel. . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Getting Help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Protocols. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Viewing Protocols in the Navigator . . . . . . . . . 104
Moving a Protocol or Project . . . . . . . . . . . . . 104
Duplicating a Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Viewing a Protocol’s Properties (Renaming) . . 104
Protocol Data and Definitions . . . . . . . . . . . . . 105
Tasks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .105
Protocol Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .107
Protocol Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .109
Designing a New Protocol. . . . . . . . . . . . . . . . .111
Defining Tables and Fields . . . . . . . . . . . . . . .113
Assigning a Calculation to a Field . . . . . . . . . .116
Summary Tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .124
Defining Security . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .124
Importing and Viewing Data. . . . . . . . . . . . . . .125
File Import Templates . . . . . . . . . . . . . . . . . . .125
Importing Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .128
Searching for and Viewing Data in Tables . . . .129
Validating Protocol Data . . . . . . . . . . . . . . . . .129
Data Manipulation and Curve Fitting . . . . . . . .129
Plotting Data using a Graph Template . . . . . . .130
Fitting Data to a Curve . . . . . . . . . . . . . . . . . .130
Curve Fit Templates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .131
Viewing the Plotted Data . . . . . . . . . . . . . . . . .131
Invalidating Data Points . . . . . . . . . . . . . . . . .132
Graphing Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .132
Compound Lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .134
Manipulating Compound Lists . . . . . . . . . . . . .134
Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .134
Editing the settings tables . . . . . . . . . . . . . . . . .135
Adding an entry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .135
Deleting an entry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .135
Canceling/Discarding Changes . . . . . . . . . . . .135
Plate Formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .135
Defining a Plate Format . . . . . . . . . . . . . . . . .135
Defining Attributes of the Plate . . . . . . . . . . . .135
Well Formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .136
Protocol Picklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .136
Adding a Picklist to the Picklist Table . . . . . . .136
Adding Picklist Options . . . . . . . . . . . . . . . . . .137
Using a Picklist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .137
Administration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .137
Publishing Tables in BioSAR Enterprise. . . . . .137
Security . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .137
Managing Users . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .137
Managing Groups. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .138
Creating New Groups . . . . . . . . . . . . . . . . . . .139
Adding a User to a Group . . . . . . . . . . . . . . . .139
Chapter 7: BioSAR Enterprise . . . . . . . . 141
Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .141
Terminology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .141
Schema . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .141
Table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .141
View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .141
ChemOffice Enterprise Workgroup & Databases 2005 Contents • iii