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Análisis de la expresión de 103 ORFs de función desconocida en S cerevisiae
4.6. Búsaueda de sitios de unión a factores transcriacionales en el
promotor de las ORFs analizadas:
La regulación transcripcional está mediada por proteínas reguladoras
que reconocen secuencias situadas en el promotor. Con el objetivo de obtener
información adicional sobre los mecanismos de regulación existentes en las
ORFs ^analizadas, nos planteamos un estudio de la secuencia de sus
promotores.
La búsqueda de sitios de reconocimiento para reguladores
transcripcionales se llevó a cabo mediante dos programas, Matlnspector 2.1
(Quandt et al., 1995) y Pattern Search 1.1 (GBF-Braunschweig), asociados a
la base de datos TRANSFAC - The transcription factor database (Wingender
et al., 1997) de acceso "http.//transfac.gbf.de" en una secuencia de 800 pb en
posición 5' del ATG de inicio de cada ORF analizada.
En un primer paso se recopilaron todos los factores que habían sido
encontrados por estos dos programas. Teniendo en cuenta que Matlnspector
2.1 y Pattern Search 1.1 pueden encontrar los sitios de unión, respectivamente
para 12 y 75 factores transcripcionales diferentes en S. cerevisiae (ver
Materiales y Métodos), para simplificar el estudio de los promotores se decidió
cónsiderar únicamente los factores directamente relacionados con una de las
respuestas observadas en el análisis experimental.
Esta selección nos permitió restringir el análisis y considerar sólo los
sitios de unión para ocho factores de regulación cuya función había sido
ampliaménte estudiada (TabÍa 4.15.).
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