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Análisis de la expresión de 103 ORFs de función desconocida en S cerevisiae
- Matlnspector 2.1 (Quandt et al., 1995) compara la secuencia
analizada a las secuencias matrices de unión a factores de
transcripción de la librería TRANSFAC3.2 para S. cerevisiae.
Identifica los sitios de unión a Abflp, Gal4p, Gcn4p, Gcrlp, Hsfp,
Mata 1 p, Mcm 1 p, Mig 1 p, Pho4p, Rap 1 p, y secuencias STRE y para
el represor de CARI. El programa escanea las dos hebras de la
. secuencia de manera simultánea.
Pattern Search 1.1(GBF-Braunschwei^ que, además de utilizar
TRANSFAC 3.2, también utiliza la base de datos TRRD 3.4; ésta se
compone de sitios de unión a factores de transcripción (75 en
S. cerevisiae) comprobados experimentalmente en numerosos genes.
El programa escanea únicamente la hebra analizada y no la
complementaria.
La búsqueda se hace, en los dos casos, con parámetros predefinidos en
cuanto a homología de secuencias; en este trabajo el umbral utilizado fue del
70% excluyéndose del resultado de la búsqueda todos los sitios con una
homología menor.
3.8.3. Otras características deducidas de las secuencias:
La base de datos MIPS proporciona otros parámetros a partir de la
secuencia de las ORFs desconocidas:
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Homologías con otros genes o proteínas, procariotas o eucariotas,
encontradas mediante programas de comparación con bases de datos
de ácidos nucleicos y de proteínas
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