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Análisis de la expresión de 103 ORFs de función desconocida en S. cerevisiae
Después de haber hecho los cálculos, se desestimaron los sitios
potenciales cuyo producto entre homología y localización era inferior a un
umbral correspondiente a un sitio teórico fiable para cada factor considerado y
que se estimó, teniendo en cuenta las referencias a genes conocidos, con el
criterio siguiente:
Para Gcrlp, Miglp y Hsfp se valoró en 0,75, correspondiéndo a un
sitio dentro de su ventana y con una homología superior al 80% o a
un sitio cercano de esta ventana pero con una homología superior al
90%.
Para Gcn4p y los elementos STRE el umbral considerado fue de 1,5;
éste equivale a por lo menos dos sitios de unión a Gcn4p o a dos
elementos STRE dentro de su ventana y con una homología superior
a180% o a dos sitios cercanos a esta ventana pero con una homología
superior al 90%.
Finalmente, para los factores GATA, se consideraron fiables los
sitios cuyo producto había sido superior a 2,0; equivalente a una
doble secuencia (T/A)GAT(T/A)(A/G) en su región preferencial y a
por lo menos 5 dispersas en todo el promotor.
Estos umbrales nos permitieron seleccionar para las 86 ORFs de los
cromosomas VII y XIV que habían podido ser cuantificadas en este trabajo,
sitios de unión potenciales para los diferentes factores transcripcionales
estudiados (Tabla 4.18).
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