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Análisis de la expresión de 103 ORFs de función desconocida en S cerevisiae - Matlnspector 2.1 (Quandt et al., 1995) compara la secuencia analizada a las secuencias matrices de unión a factores de transcripción de la librería TRANSFAC3.2 para S. cerevisiae. Identifica los sitios de unión a Abflp, Gal4p, Gcn4p, Gcrlp, Hsfp, Mata 1 p, Mcm 1 p, Mig 1 p, Pho4p, Rap 1 p, y secuencias STRE y para el represor de CARI. El programa escanea las dos hebras de la . secuencia de manera simultánea. Pattern Search 1.1(GBF-Braunschwei^ que, además de utilizar TRANSFAC 3.2, también utiliza la base de datos TRRD 3.4; ésta se compone de sitios de unión a factores de transcripción (75 en S. cerevisiae) comprobados experimentalmente en numerosos genes. El programa escanea únicamente la hebra analizada y no la complementaria. La búsqueda se hace, en los dos casos, con parámetros predefinidos en cuanto a homología de secuencias; en este trabajo el umbral utilizado fue del 70% excluyéndose del resultado de la búsqueda todos los sitios con una homología menor. 3.8.3. Otras características deducidas de las secuencias: La base de datos MIPS proporciona otros parámetros a partir de la secuencia de las ORFs desconocidas: ^2 Homologías con otros genes o proteínas, procariotas o eucariotas, encontradas mediante programas de comparación con bases de datos de ácidos nucleicos y de proteínas • • •
• MATERIALES Y MÉTODOS Predicciones de regiones transmembrana mediante los programas TMAP (Persson y Argos, 1994) y ALOM que tiene en cuenta el algoritmo KKD (Klein et al., 1985) Localización de intrones a través del programa EXPLORA (Kalogeropoulos, 1995) Predicciones de localización subcelular llevadas a cabo según el método diseñado por Nakai y Kanehisa (1992) Fenotipos provocados por la disrupción del gen y obtenidos en el consorcio BO Otros valores como la predicción del punto isoeléctrico o el peso molecular del precursor. ^ 73
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• • El presente trabajo: Análi
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* • Por las numerosas imperfeccio
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• • • ^ 1. INTRODUCCIÓN ÍND
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• • • ^ 4.4.1.2. ORFs para la
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