lie^x - RUC

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MATERIALES Y MÉTODOS
como grupo de referencia un conjunto de 24 genes de alta expresión. En
posesión del w, se puede calcular el CAI mediante la relación:
CAI = exp 1/ L E ln wi
donde, L es la longitud del gen en codones y wi el valor calculado para los
diferentes codones, excluyendo Met, Trp y los codones de terminación.
Los valores de CAI oscilan de 0 a 1, los valores más elevados indican
mayor desviación en el uso de codones.
Los valores de CAI que se recogen en este trabajo, para las distintas
ORFs analizadas, proceden de la página Web de MIPS (Mewes et al., 1997a)
con acceso "http://www. mips. biochem. mpg. de" y están calculados mediante el
programa CODONS (Lloyd y Sharp, 1992). Este programa calcula una serie
de datos e índices relativos a la composición en aminoácidos y al uso de
codones.
3.8.2. Estudio de los promotores de las ORFs:
Una región de 800 pb en posición 5' respecto del ATG de inicio de
cada ORF estudiada fue sometida a una búsqueda de sitios de unión de
factores reguladores de la transcripción conocidos, utilizando para ello los
programas asociados a la base de datos TRANSFAC-The Transcription factor
database (Wingender et al., 1997) de acceso "http://transfac.gbf.de/":
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