Untersuchung von Cyclodextrinkomplexen - OPUS - Universität ...

Anhang
8.4 Computerchemische Untersuchungen
8.4.1 Datei-Verzeichnis
Aus Gründen der Nachvollziehbarkeit sind hier die wichtigsten Rohdateien und ihr Inhalt
angegeben. Alle Dateien sind in elektronischer Form mit den übrigen Rohdaten archiviert.
Dateiname Funktion, Inhalt
BUVSEQ01.mol2 Kristallstruktur des β-Cyclodextrins; Originaldatei der CSD
600K.mdb Ergebnis der MD Simulation zur Generierung weiterer Konformere
cdstrukturen.mdb Datenbank mit den zehn ausgewählten Cyclodextrinkonformere
sulfonamide.mdb Datenbank mit selbst generierten Gastmolekülen
1.gpf grid parameter file; 1.gpf enthält die Parameter für C-, N-, O- und H- und einige weitere
Atome
create_dpf.awk Skript zur Erstellung der docking parameter files
[Gastkürzel]CD[Nr].dlg Dockingeinzelergebnisse
kom[Gastkürzel]CD[Nr].mdb Datenbanken mit Snapshots während der MD Simulation
stabilitaet_sauer.mdb,
stabilitaet_ungeladen.mdb,
stabilitaet_basisch1.mdb,
stabilitaet_basisch2.mdb
Datenbanken zur Oberflächenbetrachtung der Komplexe aus den Dockingversuchen und
den MD-Simulationen
8.4.2 Zuordnung und Bezeichnung der Protonierungszustände
Die Kürzel nach der Stoffkurzbezeichnung stehen für den Protonierungszustand.
‚S’ bedeutet, dass die Sulfonamidgruppe ein Proton abgegeben hat. ‚B1’ steht für einfach
protoniert. Hier wurde vorwiegend durch die Anilingruppe ein Proton aufgenommen.
Sulfaguanidin ist als einzige Ausnahme an der Guanidingruppe protoniert. ‚B2’ heißt, dass
eine weitere Protonierung im Rest an der Sulfonsäuregruppe stattgefunden hat, bei
Sulfaguanidin entsprechend an der Aminogruppe (vgl. Kap. 4.1.2).
Zustand SDZ SDD SFZ SGD SMR SMT SMZ SNA STZ
deprotoniert SDZS SDDS SFZS --- SMRS SMTS SMZS SNAS STZS
ungeladen SDZ SDD SFZ SGD SMR SMT SMZ SNA STZ
einfach protoniert SDZB1 SDDB1 SFZB1 SGDB1 SMRB1 SMTB1 SMZB1 SNAB1 STZB1
zweifach protoniert SDZB2 SDDB2 --- SGDB2 SMRB2 SMTB2 --- --- ---
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