Enzkin - Elm-Asse-Kultur

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Möglichkeiten beim Gebrauch der Funktionen „mask“ und „bounds“ im
Programm [C]omposit
[C]omposit generiert, zur Durchführung der linearen Regression, Schätzwerte der
anzugleichenden enzymkinetischen Parameter (́definitions and estimateś). Diese können der
Reihe nach durch übernommen werden und erscheinen dann unter énter
estimates of the parameters...́. Statt der Übernahme können an dieser Stelle auch eigene
Schätzwerte eingegeben warden. Anschließend gibt es die Möglichkeit, einzelne oder alle
dieser Schätzwerte zu maskieren (ḿask parameter #́) oder Grenzen (́boundś) vorzugeben,
die bei der Variation eingehalten werden.
Nichtlineare Regression für das
unter [C]omposit/[S]ubstrate/
c[O]operative (Hill) eingestellte
[E]xample. Durch Maskieren des
max Wertes wird eine Anpassung
an drei (statt vier) Parameter erzwungen.
́boundś für n H veranlassen dessen
Variation zwischen den Werten
„null“ und zwei.
ḿasḱ: Im Beispiel der Abb. wurde V max mit großer Sicherheit als ́150́ bestimmt. Der Wert
wird also fixiert (maskiert), d.h. es werden nur die verbliebenen drei Parameter für die
Variation freigegeben.
Es gibt die Möglichkeit, sämtliche Parameter zu definieren und zu maskieren. Der Computer nimmt
dann keine Regression vor, sondern konstruiert eine Bindungskurve zu den vorgegebenen Werten.
Wird die Funktion ́4: offset́ freigegeben, so versucht der Rechner, durch Parallelverschiebung der
Nulllinie eine bessere Anpassung zu erreichen (eine unrichtige Nulllinie kann die Folge
systematischer Messfehler sein!).
́boundś: Die Option gibt Grenzen vor, innerhalb derer bei der nichtlinearen Regression
variiert warden darf. Im Beispiel der Abb. wird der Hill-Koeffizient n H für eine Variation
zwischen [Z]ero und 2 freigegeben.
z.B. da es sich um ein dimeres Protein handelt, bei dem n H aus physikalischen Gründen einen Wert 2
nicht überschreiten kann. Eine untere Grenze [Z]ero, hier 1E-28, verhindert, dass negative Hill-
Koeffizienten (d.h. solche ohne reale Bedeutung) ausgegeben werden.
Angabe einer ĺower bound́ [Z]ero und einer úpper bound́ [I]nfinite würde Variation des Parameters im
positiven Bereich erzwingen. Solche Vorgaben können sinnvoll sein, wenn der Rechner z.B. eine
optimal Anpassung für negative K m -Werte findet. Bitte beachten: die Werte ́0́ oder ́4́ würden den
Rechner unweigerlich zum Absturz bringen, Stattdessen wird ein sehr kleiner (1E-28) bzw. ein sehr
großert Wert (1E28) eingesetzt. Diese Werte sind unteŕ [Z]́ bzw. ́[I]́ voreingestellt.
Beispiel:
Die Bindungskurve des Phenylalanins an Pyruvatkinase in File "Pk-Phe6" (analy. Abb. 7.4)
gibt nach Regression in Composit/[S]ubstrate concentration/[C]ooperative (Adair) die
folgende annehmbare aber physikalisch blödsinnige Angleichung (negative K m -Werte!):
final reports...
Vmax(1) = 100.6784 +/- 5.228411
Km(1) = -156.8362 +/- 936.9321
Km(2) = -.1200704 +/- .7006505
Verwendung der Option ́boundś (Grenzen zwischen "zero" und "infinite") nach folgendem