华 南 农 业 大 学 农 学 院 第 三 届 综 述 大 赛 获 奖 作 品 论 文 集二 等 奖 作 品栽 培 品 种 进 行 了 籼 粳 分 化 研 究 , 从 80 个 随 机 引 物 中 筛 选 出 了 扩 增 出 具 有 多 态 性 的 谱 带 的18 个 引 物 , 并 从 中 选 出 重 复 性 高 、 稳 定 性 好 的 S1004、S1012、S1019、S1048、S1049、S1053、S1063、S1070、S1075 共 9 个 引 物 进 行 反 应 , 结 合 聚 类 分 析 , 其 结 果 与 品 种 系 谱基 本 吻 合 , 证 明 RAPD 标 记 可 应 用 于 水 稻 的 分 化 研 究 。4.3 利 用 SSR 标 记 研 究 籼 粳 分 化SSR 标 记 在 连 锁 图 谱 中 的 密 度 更 密 集 , 为 大 量 的 鉴 定 、 定 位 籼 粳 分 化 QTL 提 供 了 条件 , 尤 其 是 利 用 SSR 标 记 定 位 、 克 隆 了 大 量 的 籼 粳 不 育 QTL 基 因 座 。 为 克 服 籼 粳 杂 种 不育 , 利 用 亚 种 间 的 杂 种 优 势 , 实 现 超 高 产 育 种 奠 定 了 理 论 基 础 。 对 于 水 稻 杂 种 花 粉 不 育基 因 座 位 , 目 前 已 对 Sa,Sb 和 Sc 进 行 了 初 步 的 分 子 标 记 定 位 ( 庄 楚 雄 等 ,1999; 庄 楚雄 等 ,2002;Zhuang et al, 2002; 张 泽 民 等 ,2001;Li et al,2002 )。严 长 杰 等 ( 2003 ) 以 回 交 群 体 Balilla/ 南 特 号 //Balilla 为 育 性 基 因 的 分 析 群 体 , 利 用 SSR标 记 研 究 了 该 群 体 中 控 制 小 穗 育 性 和 花 粉 育 性 的 籼 粳 分 化 基 因 , 小 穗 育 性 检 测 到 2 个QTL:Qsptf1 和 qsptf6, 分 别 位 于 第 1 和 第 6 染 色 体 ; 花 粉 育 性 检 测 到 两 个 QTL:qplln7和 qplln9, 分 别 位 于 第 7 和 第 9 染 色 体 上 。池 桥 宏 等 通 过 SSR 标 记 分 析 , 得 出 在 第 6 染 色 体 上 S5 位 点 具 有 籼 粳 差 异 , 它 的 一组 复 等 位 基 因 控 制 亚 种 间 的 杂 种 不 育 性 , 等 位 基 因 包 括 S5 i 、 S5 j 和 S5 n 。 其 中 籼 稻 带 有等 位 基 因 S5 i , 粳 稻 带 有 S5 j , 中 间 类 型 品 种 带 有 S5 n 。 刘 永 胜 等 ( 1997 ) 利 用 SSR 标 记 和构 建 分 子 图 谱 及 DH 系 衍 生 的 2 个 回 交 群 体 定 位 了 2 个 籼 粳 分 化 基 因 :esa-1 和 esa-2, 它们 是 引 起 杂 种 胚 囊 败 育 的 互 补 主 效 基 因 , 位 于 第 1 和 第 6 染 色 体 。水 稻 基 因 组 中 约 有 50% 的 序 列 为 重 复 序 列 ( Deshphane et al, 1980 ), 周 建 民 等 ( 2004)以 中 籼 稻 南 京 11 号 和 粳 稻 巴 利 拉 杂 交 F1 代 的 DH 群 体 为 材 料 , 利 用 荧 光 原 位 杂 交 技 术 结合 程 氏 指 数 分 类 , 分 析 2 个 串 联 重 复 序 列 Os48、45S rDNA 在 DH 群 体 中 的 分 布 , 结 果表 明 : 串 联 重 复 序 列 45S rDNA 在 DH 群 体 中 存 在 明 显 的 籼 粳 分 化 ,Os48 在 DH 群 体 中的 分 化 与 程 氏 指 数 的 结 果 一 致 。杨 存 义 等 ( 2004 ) 利 用 SSR 标 记 , 将 具 有 籼 粳 分 化 , 引 起 水 稻 籼 粳 杂 种 不 育 基 因 座 Sc,定 位 第 3 染 色 体 的 4 个 分 子 标 记 以 RM218-RG369-Sc- RG227- RG391 的 关 系 连 锁 , 其 中RG227 与 Sc 座 位 之 间 的 遗 传 距 离 为 0.07 cM。 通 过 在 Sc 座 位 区 域 发 展 了 6 个 新 的 基 于PCR 的 标 记 。 用 这 些 标 记 进 一 步 把 Sc 座 位 定 位 在 一 个 约 46 kb 的 区 域 内 。 已 知 在 第 6 染色 体 上 , 尚 有 一 个 育 性 位 点 S8 与 籼 粳 杂 种 F1 的 育 性 有 关 。 在 第 7 染 色 体 上 和 第 4 染色 体 上 也 分 别 存 在 一 个 育 性 位 点 , 与 籼 粳 杂 种 F1 育 性 有 关 , 分 别 命 名 为 S7 和 S9 。 杨杰 等 ( 2005 ) 利 用 SSR 标 记 进 行 了 籼 粳 亚 种 间 杂 种 低 温 花 粉 不 育 的 QTL 分 析 的 研 究 , 用108 对 SSR 引 物 构 建 了 包 含 157 个 F2 单 株 , 覆 盖 12 条 染 色 体 的 分 子 标 记 连 锁 图 谱 。 该连 锁 图 的 总 长 度 为 1857.8 cM, 标 记 间 平 均 距 离 为 16-26 cM, 标 记 较 均 匀 地 分 布 在 12 条染 色 体 上 。 采 用 区 间 作 图 法 对 F2 群 体 花 粉 不 育 进 行 QTL 分 析 , 共 检 测 到 2 个 低 温 花 粉不 育 QTLs, 即 qLTSPS2 和 qLTSPS5, 分 别 位 于 第 2、5 染 色 体 。Li 等 以 亚 优 2 号 的 亲147
华 南 农 业 大 学 农 学 院 第 三 届 综 述 大 赛 获 奖 作 品 论 文 集二 等 奖 作 品本 3037 和 02428 的 F2 群 体 和 回 交 分 离 群 体 研 究 发 现 3 个 低 温 杂 种 小 穗 不 育 QTL。张 建 勇 等 ( 2005 ) 利 用 208 对 微 卫 星 标 记 引 物 , 筛 选 到 具 有 籼 粳 分 化 多 态 的 引 物 123对 , 不 同 染 色 体 的 微 卫 星 分 析 的 多 态 性 不 同 , 染 色 体 9、10 微 卫 星 的 多 态 性 高 于 其 它 染色 体 , 染 色 体 12 上 的 徽 卫 星 标 记 的 多 态 性 最 差 。 在 结 合 聚 类 分 析 表 明 , 微 卫 星 标 记 能 较好 地 区 分 籼 稻 和 粳 稻 , 微 卫 星 标 记 可 用 于 进 行 籼 粳 分 化 研 究 。 Ni 等 ( 2002 ) 利 用 111 对SSR 引 物 分 析 了 38 个 栽 培 稻 和 2 个 野 生 稻 品 种 , 结 果 表 明 微 卫 星 能 很 好 的 进 行 籼 粳 分类 , 与 籼 稻 相 比 粳 稻 第 6 和 第 7 染 色 体 的 多 态 性 明 显 高 于 第 2 条 染 色 体 的 多 态 性 。 钱 前等 ( 2000 ) 还 对 程 氏 指 数 的 6 个 性 状 相 关 的 QTL 位 点 进 行 了 基 因 组 扫 描 , 将 籼 粳 分 类 的 形态 指 数 相 关 性 状 QTL 定 位 在 不 同 染 色 体 上 。Zhang 等 ( 2005 ) 鉴 定 了 70 个 籼 稻 特 有 的EST, 比 较 分 析 表 明 籼 粳 基 因 组 间 存 在 大 量 的 碱 基 缺 失 / 插 入 / 替 换 。陈 静 等 ( 2006 ) 以 IR36 和 热 研 2 号 为 亲 本 , 构 建 了 包 含 180 个 单 株 的 F2 群 体 及 包 括110 个 标 记 的 分 子 连 锁 图 谱 , 共 检 测 到 3 个 花 粉 不 育 QTL, 分 别 位 于 第 3、5、7 染 色 体上 , 此 外 , 共 检 测 到 9 个 由 雄 配 子 引 起 的 偏 分 离 QTL, 其 中 7 个 与 ga214 和 ga211 位 点的 配 子 败 育 类 型 相 同 。 殷 珊 ( 2007 ) 利 用 随 机 分 布 在 12 条 染 色 体 上 的 47 对 SSR 标 记 对 58份 籼 粳 地 方 品 种 进 行 分 析 发 现 , 籼 稻 群 体 的 平 均 等 位 基 因 数 为 3.6、 基 因 多 样 性 水 平 为0.373; 粳 稻 群 体 的 平 均 等 位 基 因 数 为 4.2、 基 因 多 样 性 水 平 为 0.434。SSR 结 果 显 示 粳 稻群 体 的 基 因 多 样 性 比 籼 稻 群 体 的 丰 富 。 同 时 , 在 总 群 体 的 变 异 中 , 有 27.8% 是 由 籼 粳 亚种 间 的 遗 传 分 化 所 致 。朱 作 峰 等 ( 2002 ) 找 到 了 5 个 籼 粳 特 异 性 的 SSR 标 记 , 可 用 于 栽 培 稻 籼 粳 分化 的 快 速 有 效 的 鉴 别 。 樊 叶 杨 等 ( 2000 ) 应 用 70 个 微 卫 星 标 记 分 析 籼 粳 稻 测 验种 , 发 现 其 中 36 个 标 记 可 以 区 分 籼 粳 测 验 种 。 对 18 个 籼 粳 品 种 进 一 步 分 析 , 在21 个 标 记 中 ,20 个 在 籼 粳 亚 种 间 带 型 相 异 , 其 中 7 个 在 亚 种 内 带 型 一 致 ,13 个 在 亚 种 内带 型 不 一 致 。 而 且 还 发 现 ,SSR 标 记 和 RFLP 标 记 检 测 籼 粳 亚 种 不 仅 具 有 一 致 性 , 而 且还 有 互 补 性 。 张 建 勇 等 ( 2005 ) 采 用 123 对 多 态 性 SSR 标 记 对 93 份 材 料 进 行 分 析 表 明 ,所 有 的 供 试 材 料 可 以 分 为 籼 稻 群 和 粳 稻 群 , 具 有 非 常 高 的 分 辨 效 果 。 朱 作 峰 等 ( 2002 ) 用30 对 SSR 引 物 比 较 了 52 份 不 同 生 态 类 型 的 栽 培 稻 和 34 份 不 同 地 方 的 普 通 野 生 稻 的 基 因多 样 性 , 发 现 了 284 条 多 态 性 带 , 栽 培 稻 与 普 通 野 生 稻 的 差 异 主 要 来 自 野 生 稻 , 野 生 稻的 基 因 多 样 性 大 于 栽 培 稻 , 籼 粳 分 化 是 亚 洲 栽 培 稻 遗 传 分 化 的 主 流 , 聚 类 分 析 结 果 表 明 。5 水 稻 基 因 组 序 列 完 成 后 栽 培 稻 籼 粳 分 化 的 研 究Yu 等 ( 2002 ) 通 过 全 基 因 组 鸟 枪 法 测 序 完 成 了 籼 稻 的 全 基 因 组 序 列 草 图 , 得 出 籼 稻 全基 因 组 的 大 小 为 466Mb, 包 含 46022 到 55615 个 基 因 。Stephen 等 ( 2002 ) 通 过 全 基 因 组鸟 枪 法 完 成 粳 稻 日 本 晴 的 全 基 因 组 序 列 草 图 , 组 装 的 序 列 覆 盖 了 93% 的 全 基 因 组 总 长( 420Mb ), 包 含 约 32000 到 50000 个 基 因 。 国 际 水 稻 基 因 组 项 目 与 2005 年 , 在 粳 稻 草 图的 基 础 上 , 完 成 了 粳 稻 全 基 因 组 的 精 细 图 谱 , 预 测 包 含 37544 个 基 因 。Liu 等 ( 2006 ) 分 析 了 来 自 籼 稻 品 种 广 陆 矮 4 号 的 10096 分 全 长 cDNA 序 列 , 得 到 9029148
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