The effects of activated carbon and plants diversity ... - 华南农业大学

华 南 农 业 大 学 农 学 院 第 三 届 综 述 大 赛 获 奖 作 品 论 文 集二 等 奖 作 品( 接 表 1)Name 名 称 网 址PDB 生 物 大 分 子 结 构 数 据 库 http://www.rcsb.org/pdb/UniProt 联 合 蛋 白 质 序 列 数 据 库 http://www.uniprot.org/TAIR DB 拟 南 芥 信 息 数 据 库 http://www.arabidopsis.org/RGP 日 本 水 稻 基 因 组 数 据 库 http://rgp.dna.affrc.go.jp/Gramene 作 物 基 因 组 比 对 网 站 http://www.gramene.org/Oryzabase 集 成 水 稻 资 源 数 据 库 http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/RiceData 水 稻 基 因 数 据 库 http://www.ricedata.cn/gene/NCRG 中 国 科 学 院 国 家 基 因 研 究 中 心 http://www.ncgr.ac.cn/RISE 水 稻 信 息 系 统 http://rice.genomics.org.cn/rice/index2.jsp3 序 列 比 对序 列 比 对 (sequence alignment) 是 指 根 据 特 定 的 计 分 规 则 , 两 个 或 多 个 符 号 序 列 按位 置 比 较 后 排 列 , 尽 可 能 反 映 序 列 间 的 相 似 性 的 过 程 ( 许 忠 能 ,2008)。 序 列 比 对 作 为 生物 信 息 学 的 主 要 研 究 领 域 之 一 , 其 基 本 问 题 是 比 较 两 个 或 两 个 以 上 符 号 序 列 的 不 相 似 性或 相 似 性 ( 李 大 卫 ,2011)。序 列 比 对 能 够 通 过 适 当 的 空 位 插 入 来 模 拟 生 物 分 子 进 化 过 程 中 的 突 变 现 象 , 寻 找 保守 区 域 , 以 反 映 它 们 间 的 进 化 关 系 , 为 两 个 或 多 个 序 列 的 残 基 之 间 的 相 互 关 系 提 供 了 一个 非 常 明 确 的 关 系 图 谱 ( 张 敏 ,2004)。 其 作 用 有 : 同 源 性 的 判 断 、 相 似 性 的 搜 索 、 功 能区 的 预 测 、 基 因 突 变 的 判 断 、 复 制 区 域 的 判 断 等 。 在 分 子 生 物 学 中 , 序 列 之 间 的 相 似 性是 多 方 面 的 , 可 能 是 序 列 之 间 的 相 似 , 可 能 是 结 构 的 相 似 , 也 可 能 是 功 能 的 相 似 。 一 个普 遍 的 规 律 是 序 列 决 定 结 构 , 结 构 决 定 功 能 。 研 究 序 列 相 似 性 的 目 的 之 一 是 通 过 相 似 的序 列 得 到 相 似 的 结 构 或 相 似 的 功 能 , 另 一 个 目 的 是 通 过 序 列 的 相 似 性 , 判 别 序 列 之 间 的同 源 性 , 推 测 序 列 之 间 的 进 化 关 系 ( 杨 洁 等 ,2011)。序 列 比 对 类 型 可 以 从 两 个 不 同 角 度 来 划 分 : 一 是 比 对 范 围 , 可 分 为 只 考 虑 部 分 区 域相 似 性 的 局 部 比 对 (local alignment) 和 从 头 到 尾 全 程 比 较 的 全 局 比 对 (global alignment);另 一 个 是 序 列 个 数 , 序 列 比 对 可 分 为 两 序 列 比 对 和 多 序 列 比 对 ( 李 大 卫 ,2011)。3.1 局 部 比 对 和 全 局 比 对 的 两 序 列 比 对 算 法两 序 列 比 对 的 一 个 主 要 目 的 是 进 行 数 据 库 相 似 性 搜 索 。 两 序 列 比 对 的 经 典 方 法 是 动态 规 划 (dynamic programming) 法 。 动 态 规 划 是 综 合 运 用 分 级 决 策 方 法 和 最 优 化 原 理 而形 成 的 数 学 方 法 , 它 将 一 个 复 杂 问 题 划 分 为 若 干 个 关 联 的 子 问 题 , 找 出 子 问 题 的 最 优 解 ,进 而 得 出 原 来 复 杂 问 题 的 最 优 解 。 两 序 列 比 对 的 动 态 规 划 法 有 全 局 比 对 和 局 部 比 对 两 种 。全 局 比 对 动 态 规 划 法 是 Needle 和 Wunsch 于 1970 年 提 出 的 , 是 生 物 信 息 学 的 基 础 算法 之 一 , 它 可 以 得 到 全 局 最 优 的 比 对 结 果 。 区 别 于 全 局 比 对 算 法 , 局 部 比 对 算 法 所 要 寻166