The effects of activated carbon and plants diversity ... - 华南农业大学

华 南 农 业 大 学 农 学 院 第 三 届 综 述 大 赛 获 奖 作 品 论 文 集二 等 奖 作 品Monsanto 公 司 率 先 完 成 了 水 稻 基 因 组 草 图 (Barry,2001)。2002 年 4 月 北 京 基 因 组 研 究 所和 美 国 Syngenta 公 司 两 个 测 序 中 心 分 别 利 用 鸟 枪 法 完 成 籼 稻 品 种 “93-11” 和 粳 稻 品 种 “ 日本 晴 ” 的 全 基 因 序 列 草 图 (Goff,et al,2002;Yu,et al,2002)。2002 年 11 月 , 参 与 IRGSP 的日 本 和 中 国 分 别 在 《Nature》 杂 志 公 布 了 “ 日 本 晴 ” 第 1 号 和 第 4 号 染 色 体 的 基 于 物 理 图的 精 确 测 序 图 谱 (Feng,et al,2002;Sasaki,et al,2002)。2005 年 8 月 , 国 际 水 稻 基 因 组 测 序计 划 宣 布 完 成 了 “ 日 本 晴 ” 全 基 因 组 ( 约 389Mb) 的 95%( 约 370Mb) 高 质 量 精 确 序 列图 谱 , 还 包 含 了 2 条 染 色 体 上 完 整 的 着 丝 粒 序 ( 王 江 ,2008)。1.4 生 物 信 息 学 在 水 稻 基 因 组 学 中 的 应 用目 前 , 生 物 信 息 学 在 水 稻 基 因 组 学 上 的 应 用 主 要 表 现 在 以 下 三 个 方 面 :(1) 生 物 信息 数 据 库 。 生 物 信 息 学 作 为 一 门 新 兴 的 学 科 , 在 基 因 组 学 的 研 究 中 有 重 要 作 用 , 其 中 数据 库 的 构 建 就 是 一 个 基 本 方 面 ( 王 建 民 等 ,2001)。(2) 序 列 比 对 。 序 列 比 对 指 对 2 个 或多 个 序 列 进 行 比 较 , 找 出 其 相 似 性 (Parra,et al,2003)。(3) 序 列 拼 接 。 目 前 , 基 因 组 测序 仍 然 是 基 因 组 学 的 核 心 内 容 , 而 基 因 组 测 序 中 的 一 个 关 键 的 步 骤 就 是 序 列 拼 接 ( 逯 雯雯 等 ,2010)。 此 外 , 生 物 信 息 学 在 基 因 预 测 、 非 编 码 区 信 息 结 构 分 析 、 生 物 进 化 与 系 统发 育 分 析 、 完 整 基 因 组 的 比 较 研 究 、 代 谢 网 络 分 析 、 生 物 芯 片 等 研 究 中 都 有 重 要 应 用 ( 陈润 生 ,1999; 张 春 霆 ,2000)。2 生 物 信 息 数 据 库数 据 库 是 生 物 信 息 学 的 主 要 内 容 之 一 。 生 物 信 息 数 据 库 具 有 以 下 一 些 特 点 :(1) 数据 库 种 类 的 多 样 性 。 生 物 信 息 学 各 类 数 据 库 几 乎 覆 盖 了 生 命 科 学 的 各 个 领 域 , 如 核 酸 序列 数 据 库 , 蛋 白 质 序 列 数 据 库 , 蛋 白 质 、 核 酸 、 多 糖 的 三 维 结 构 数 据 库 , 基 因 组 数 据 库 ,文 献 数 据 库 和 其 他 杂 类 数 百 种 。(2) 数 据 库 的 更 新 和 增 长 快 。 数 据 库 的 更 新 周 期 越 来 越短 , 有 些 数 据 库 每 天 更 新 。 数 据 的 规 模 以 指 数 形 式 增 长 。(3) 数 据 库 的 复 杂 性 增 加 、 层次 加 深 。 许 多 数 据 库 具 有 相 关 的 内 容 和 信 息 , 数 据 库 之 间 相 互 引 用 , 如 PDB 就 与 文 献 库 、酶 学 数 据 库 、 蛋 白 质 二 级 数 据 库 、 蛋 白 质 结 构 分 类 数 据 库 、 蛋 白 折 叠 库 等 十 几 种 数 据 库直 接 交 联 。(4) 数 据 库 使 用 高 度 计 算 机 化 和 网 络 化 。 越 来 越 多 的 生 物 信 息 数 据 库 与 因 特网 联 结 , 从 而 为 分 子 生 物 学 家 利 用 这 些 信 息 资 源 提 供 了 前 所 未 有 的 机 遇 , 对 我 国 开 展 生物 信 息 学 研 究 以 及 水 稻 基 因 组 工 程 的 DNA 序 列 数 据 的 分 析 提 供 了 捷 径 ( 万 跃 华 等 ,2002)。2.1 生 物 信 息 数 据 库 的 种 类一 般 而 言 , 生 物 信 息 数 据 库 可 以 分 为 一 级 数 据 库 和 二 级 数 据 库 。 一 级 数 据 库 的 数 据都 直 接 来 源 于 实 验 获 得 的 原 始 数 据 , 只 经 过 简 单 的 归 类 整 理 和 注 释 ; 二 级 数 据 库 是 在 一级 数 据 库 、 实 验 数 据 和 理 论 分 析 的 基 础 上 针 对 特 定 目 标 衍 生 而 来 , 是 对 生 物 学 知 识 和 信息 的 进 一 步 整 理 。 国 际 上 著 名 的 一 级 核 酸 数 据 库 有 Genbank 数 据 库 、EMBL 核 酸 库 和DDBJ 库 等 ; 蛋 白 质 序 列 数 据 库 有 SWISS-PROT、PIR 等 ; 蛋 白 质 结 构 库 有 PDB 等 。 国际 上 二 级 生 物 学 数 据 库 非 常 多 , 它 们 因 针 对 不 同 的 研 究 内 容 和 需 要 而 各 具 特 色 , 如 人 类164