Клинические аспекты ВИЧ 2007г - Александр Пантелеев ...

Методы исследования резистентности (устойчивости) вируса: существуетдва метода: генотипирование и фенотипирование. Их сравнение приведенов таблице 2.9 на стр. 35 (J Antimicrob Chemother 2004; 53:555).ГЕНОТИПИРОВАНИЕ. Исследование генотипа вируса выявляет мутации,лежащие в основе фенотипической резистентности. Тестирование можнопроводить с помощью готовых диагностических наборов (тест-систем)или полностью силами лаборатории. При проведении генотипированияодинаковых образцов с помощью двух тест-систем в одной и той желаборатории результаты совпадали в 98% случаев (Antivir Ther 2000; 5suppl 4:60; Antivir Ther 2000; suppl 3:53). По результатам другого исследования,частота ложноположительных результатов составила 0,3%, аложноотрицательных — 6,4% (Antivir Ther 2001; 6 suppl 1:1). Методикигенотипирования значительно отличаются по стоимости, количествувыявляемых мутаций, форме представления результатов и методике ихинтерпретации. Генотипирование включает следующие этапы: 1) амплификациюгена обратной транскриптазы (ОТ) и гена протеазы методом ОТ-ПЦР; 2) секвенирование ампликонов ДНК, полученных от доминантныхштаммов ВИЧ (выявляются только те мутации, которые есть у более 20%вирионов, присутствующих в плазме); 3) регистрацию мутаций для каждогогена с использованием стандарта «буква-число-буква», в которомпервая буква означает аминокислоту, соответствующую данному кодону увируса дикого типа, число — это номер кодона, а последняя буква —аминокислота, которая соответствует мутировавшему кодону. Такимобразом, мутация гена обратной транскриптазы К103N означает, чтопоследовательность нуклеотидов в кодоне 103 после мутации соответствуетне лизину (К), как у вируса дикого типа, а аспарагину (N). В таблице2.10 (стр. 36) приведены буквенные коды для всех аминокислот, используемыедля описания мутаций при генотипировании. Для составлениязаключений по результатам генотипирования используют списки известныхмутаций резистентности или компьютерные алгоритмы, основанныена наборах правил. Обновленную информацию, касающуюся проведениятестов на резистентность, можно найти на сайтах http://www.iasusa.org иhttp://www.hivdb.stanford.edu/. См. таблицы 2.11 (стр. 36–38), 2.12 (стр. 39),2.13 (стр. 40), 2.14 (стр. 41–42), 2.15 (стр. 43).ФЕНОТИПИРОВАНИЕ. При фенотипическом анализе оценивается способностьВИЧ к репликации при различных концентрациях лекарственныхпрепаратов. Услуги по фенотипированию предлагают три коммерческиесети лабораторий; при сравнении результатов исследования одинаковыхобразцов, проведенных этими лабораториями, был установлен хорошийуровень совпадения (конкордантности) результатов (Antivir Ther 2001; 6suppl 1:129; Antivir Ther 2000; 5 suppl 3:49). Метод заключается в том, чтогены обратной транскриптазы или протеазы, полученные путем амплификациииз штамма ВИЧ, выделенного из крови пациента, встраивают влабораторный штамм ВИЧ путем клонирования или рекомбинации. Оцениваетсяскорость репликации вируса при разных концентрациях лекарственныхпрепаратов и сравнивается со скоростью репликации вирусадикого типа (контроль). Эта методика похожа на классическое исследованиемикроорганизмов in vitro на чувствительность к антимикробным препаратам,когда микроорганизмы выращивают на средах, содержащихразличные концентрации антимикробных препаратов. Чувствительностьвируса к препарату оценивают по отношению IC 50 (концентрации препарата,которая подавляет репликацию вируса на 50%) исследуемого штаммак IC 50 контрольного штамма (вируса дикого типа). Раньше о резистентно-Клинические аспекты ВИЧ-инфекции2007 © Джон Бартлетт 33