ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

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Resultados
En la Figura 26A se presentan los patrones de distribución de la concentración en los
experimentos de velocidad de sedimentación de la proteína PsbQ en 20 mM Tris-HCl pH 8.0,
según la ecuación de Lamm [4]. Los datos experimentales se analizaron con la función
implementada en el programa SEDFIT (Schuck, 2000) sobre la cual se realizó un ajuste no lineal
por mínimos cuadrados al modelo de una especie. El coeficiente de sedimentación obtenido fue s
= 1.40 S (Figura 26B) y el de difusión D = 7.8x10 -7 cm 2 /s. La exactitud del ajuste se confirmó
calculando la masa molecular de la proteína a partir de la ecuación [5] resultando en 16.7 kDa,
valor experimental que coincide con el calculado teóricamente (16.65 kDa). Estos valores de s y
D corresponderían a una proteína elongada en disolución (Selivanova et al, 2003). El valor del
coeficiente de sedimentación se corrigió a condiciones estándar, 20 ºC en agua, según ecuación
[6] resultando en s 20,w = 1.42 S.
Los datos hidrodinámicos obtenidos para PsbQ se analizaron con el programa
SEDNTERP usando el método v-bar para estimar el grado de asimetría de las partículas al
sedimentar (Laue, 1992). Este método permite modelar la proteína al sedimentar como un
elipsoide de revolución, tipo prolato u oblato, o un cilindro. A partir de las ecuaciones [7] y [8]
se obtuvo un valor de R o de 1.7 nm y de R s de 2.69 nm. El valor del coeficiente de fricción (f/f o)
resultó en 1.6, sugiriendo que PsbQ es una proteína elongada en disolución. En la Tabla IV se
muestran los valores de la relación axial a/b obtenidos para los modelos de sedimentación
usando diferentes elipsoides de revolución, utilizando un valor de 0.4307 g H 20/g de proteína
para la hidratación de la proteína, estimado a partir de la secuencia de aminoácidos.
Tabla IV. Modelos de revolución que representarían la
sedimentación de PsbQ a Relación D/L en el modelo cilíndrico; b L,
longitud, en el modelo cilíndrico; c D, diámetro en el modelo
cilíndrico.
Modelo de revolución Prolato Oblato Cilindro
Relación axial a (a/b) 6.74 7.69 6.70
2a b (nm) 14.11 7.81 12.30
2b c (nm) 2.09 1.02 1.83