ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

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Materiales y Métodos
4. Estudio de la estructura terciaria de PsbQ por técnicas
bioinformáticas y por técnicas biofísicas
4.1. Predicción del plegamiento por métodos bioinformáticos.
Para la predicción de la estructura de la familia de PsbQ se hizo uso de la técnica de
reconocimiento de plegamiento denominada threading, que se basa en la observación de que
existen proteínas con menos de un 20% de identidad de secuencia que adoptan plegamientos
similares (Godzik, 2003) (Figura 16).
(a) A 1flp B (b) 1cpc
C
(c)
(d)
D
1flp
1cpcA
Figura 16. Alineamiento estructural (C) y de secuencia (D) de las proteínas de código PDB: (A) 1flp
(hemoglobina) y (B) 1cpcA (ficocianina). Estas proteínas adoptan un plegamiento tridimensional similar
con sólo un 8% de identidad de secuencia. Las mayores diferencias en la estructura se producen en los
giros .
Los programas de predicción de plegamiento de una proteína son muy variados de manera
que una combinación de resultados de diferentes programas es la mejor opción para evaluar el
plegamiento de una proteína por analogía remota estructural. Estos métodos proponen una lista
de proteínas molde cuya estructura 3D conocida podría ser similar a la de la proteína problema,
según las características de la familia de secuencias de PsbQ como son estructura secundaria,
accesibilidad del disolvente, potenciales de contacto, etc. Las proteínas molde se puntúan según