ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

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90 Resultados La búsqueda de homólogos remotos (20-30 % de similitud) se realizó con PSI-BLAST y HMMer donde se encontraron dos nuevas proteínas, Q9SGH4 y Q9XI73, ambas de Arabidopsis thaliana. Estas proteínas no tienen función ni estructura asignada aunque sí se predice su localización en el lumen del tilacoide (Schubert et al, 2002). Además de estas proteínas en eucariotas, las búsquedas relacionaron a la familia de PsbQ con proteínas hipotéticas de cianobacterias (e.g. P73048 Synechocystis sp. PCC 6803; AP003585 Nostoc sp. PCC 7120; véase apartado 1 en Resultados y Apéndice I, Ea). La proteína en Synechocystis sp. PCC 6803 se ha identificado bioquímicamente en preparaciones de PSII, aunque no se conoce ni su localización ni su función con respecto al PSII (Kashino et al, 2002). No se ha encontrado asociada al PSII en ningún estudio ni por microscopía electrónica ni por cristalografía de rayos-X (Ferreira et al, 2004) (Bumba & Vacha, 2003). Las búsquedas, por último, relacionan a la familia de PsbQ con el extremo N-terminal de la familia de proteínas denominada TLP40 (Apéndice I, Eb) (Fulgosi et al, 1998). Figura 28. Alineamiento de la superfamilia de PsbQ formada por la familia de PsbQ de plantas superiores, algas verdes y algas no verdes; la familia de proteínas de función desconocida en plantas superiores Q9XI73 y Q9SGH4; y la familia de proteínas de función desconocida de cianobacterias(ANASP, Nostoc sp. PCC 7120; SYNY3, Synechocystis sp. PCC 6803; TRIER, Trichodesmium erythraeum; SYNWH, Synechococcus sp. WH8102). La representación en el alineamiento de las subfamilias de las proteínas Q9XI73 y Q9SGH4 se ha completado con secuencias reconstruidas a partir de la base de datos de "etiquetas de secuencia expresadas" (EST, http://www.ncbi.nlm.nih/gov/dbEST/). Esta figura se complementa con la presentada en el Apéndice I, E
770 0.1 801 906 TRICHOTOMY 985 893 999 886 823 1000 623 700 1000 1000 842 661 PSBQ SPIOL PSQ1 ARATH PSQ2 ARATH PSQ1 MAIZE 1000 PSQ2 MAIZE PSBQ' CYACA PSBQ BIGNA PSBQ CHLRE PSBQ VOLCA Resultados Figura 29. Dendrograma que muestra la relación filogenética de las proteínas que componen la superfamilia de PsbQ. El árbol se ha obtenido por el método de Neighbor-joining y en los nodos se indica la evaluación de la consistencia del árbol por bootstraping sobre 1000. Se observa en el alineamiento de la superfamilia (Figura 28) la alta conservación de aminoácidos con propiedades hidrofóbicas (de color azul, por defecto, en el alineamiento por CLUSTALX), estando la homología en la superfamilia más acentuada en el extremo C-terminal del alineamiento. En el caso de la familia Q9SGH4 se comprueba que comparte el primer motivo de poliprolinas de PsbQ mientras que la familia Q9XI73 carece de este primer motivo y no alinea con el resto de la superfamilia en esta zona, aunque sí comparte con PsbQ el segundo motivo de poliprolinas. Las proteínas hipotéticas de cianobacterias muestran homología con la 1000 Q9XI73 SYNY3 TRIER SYNWH THEEL ANASP Q9XI73 Glyc est Q9XI73 Sola est 1000 Q9XI73 Lyco est Q9SGH4 Q9SGH4 Glyc est Q9SGH4 Mese est 91
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Apéndice, F . Alineamiento de secu
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