ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Materiales y Métodos
- El valor del parámetro “z” de cada programa, que indica la fiabilidad del resultado. Sin
embargo, se ha comprobado en estos programas de predicción que muchas veces el mejor
resultado puede no ser el mejor de la lista pero sí encontrarse entre los mejores (Jones et
al, 1992). Por tanto, se consideraron los tres primeros resultados de cada programa de
predicción y se comprobó su estructura, según la clasificación de CATH (Pearl et al, 2003) o
SCOP (Andreeva et al, 2004), para estudiar si adoptan plegamientos similares.
- Con el programa de visualización THREADLIZE (Pazos et al, 1999) se inspeccionaron los
alineamientos 1D y 3D de la secuencia de PsbQ de espinaca con cada uno de los moldes de
plegamiento propuestos.
- Para cada molde propuesto, se realizó el alineamiento de secuencia familia-familia con
CLUSTALX (Thompson et al, 1997) con respecto a PsbQ y se estudió la calidad del
alineamiento según el número y distribución de inserciones/deleciones, porcentaje de
identidad y perfil de hidrofobicidad. La familia de secuencias para cada uno de los moldes
propuestos se obtuvo de la base de datos HSSP (Sander & Schneider, 1991). Una vez
establecidos los residuos conservados, se estudió la proximidad a la que se encontraban
estos residuos entre sí en el espacio, según el molde escogido, a partir del parámetro Xd
(Pazos et al, 1997). Este parámetro mide la distribución de las distancias entre los residuos
conservados y todos los residuos; se ha comprobado que los residuos más conservados en
una familia son los que están implicados en la estructura y/o función y la tendencia de estos
residuos es a estar lo más próximos posible en el espacio, lo que se traduce en un valor de
Xd alejado de cero (Olmea et al, 1999).
2. Alineamiento entre la proteína problema, PsbQ de espinaca, y la seleccionada como
molde. Este alineamiento se basa en el alineamiento familia-familia. Se ha comprobado que una
de las causas de error en la construcción de modelos es un mal alineamiento entre la proteína
problema y el molde.
3. Modelado por homología a partir del servidor SWISSMODEL (Guex & Peitsch, 1997),
con el gran problema de la baja identidad de secuencia. La evaluación del modelo se realizó
según:
-WHATCHECK (Hooft et al, 1996): programa de evaluación de estructura tridimensional de
proteínas. Realiza un análisis detallado de la estructura, dando no sólo valores globales
sino también especificando algunos residuos problemáticos
(http://www.cmbi.kun.nl:1100/ WIWWWI/modcheck.html).
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