ANÁLISIS ESTRUCTURAL DE LA PROTEÍNA EXTRÍNSECA PsbQ ...

Discusión
propuesto para PsbQ según el modelo obtenido por threading es compatible con los resultados
derivados de los experimentos de fluorescencia. La disposición de los cuatro residuos de
tirosina modelados muestra que al menos una (Tyr134) está enterrada en el interior de la
estructura. Se concluye, por tanto, que los resultados obtenidos por los métodos de threading,
con los que se propone un modelo remoto y parcial de la estructura 3D de PsbQ, son compatibles
con los obtenidos en los respectivos análisis de estructura secundaria (bioinformática, CD y
FTIR) y con los obtenidos según los métodos de espectroscopía de absorción y de emisión de
fluorescencia del triptófano.
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El éxito en la obtención de cristales de PsbQ susceptibles de difracción de rayos-X
permitió un estudio de alta resolución de la estructura 3D de PsbQ. La calidad de los cristales
de PsbQ permitió obtener unos buenos patrones de difracción en el difractómetro del Instituto
de Química-Física "Rocasolano" a la excelente resolución de 1.49 Å, con la que se obtuvo una
imagen precisa de la mayor parte de la estructura de PsbQ. El método de resolución de la
estructura se realizó por reemplazo molecular usando como molde la proteína depositada en la
base de datos del PDB como 1NZE. La resolución estructural 3D por cristalografía de rayos-X
muestra que dos terceras partes de PsbQ (residuos 46-149) forman una estructura muy
compacta, con una topología de tipo haz de 4 α-hélices invertidas, en su extremo C-terminal; el
resto de la secuencia adopta un plegamiento diferente, más extendido, del cual no se ha podido
obtener una imagen completa. El porcentaje calculado a partir de esta estructura para cada
entidad conformacional, con un 13 % sin asignar, es de 59 % de α-hélice, 4 % de hoja-β, 3 % de
PPII y 21 % de estructura no regular. En la Figura 50A se muestra la superposición de la
estructura 3D de PsbQ obtenida en este trabajo y la publicada por Calderone et al (Calderone
et al, 2003), con una desviación RMS de 0.4 Å. La nueva estructura de PsbQ mejora la
propuesta anteriormente ya que se avanza en el conocimiento estructural de la región N-
terminal; se comprobó que las cadenas laterales de los residuos 38-45 no estaban
correctamente modelados en la estructura de código 1NZE.
PsbQ se presenta como una proteína con asimetría esférica, cuya forma se asemeja en
cierto grado a la de un elipsoide de tipo oblato, de dimensiones 50 x 40 x 15 Å. Los resultados
de estructura secundaria obtenidos por los métodos espectroscópicos y bioinformáticos
presentados coinciden con los determinados por la estructura 3D resuelta por cristalografía de
rayos-X. La buena coincidencia en los porcentajes estimados y resueltos de α-hélice parece
indicar que en los 20 residuos, cuya información estructural no está disponible, no va a aparecer
este tipo de conformación. Las mayores diferencias se encuentran en los porcentajes de hoja-β
y estructura no-regular. Las características físico-químicas de estos 20 residuos, junto con la